（2）審核各項開發(fā)間接費用是否取得合法有效憑證。
（3）如果有多個開發(fā)項目，開發(fā)間接費用是否分項目核算，是否將應記入其他項目的費用記入了本清算項目。
（4）審核各項開發(fā)間接費用是否含有其他企業(yè)的費用。
（5）審核各項開發(fā)間接費用是否含有以明顯不合理的金額開具的各類憑證。
（6）審核是否將期間費用記入開發(fā)間接費用。
（7）審核有無預提的開發(fā)間接費用。
（8）審核為管理和組織全公司經(jīng)營活動而發(fā)生的管理費用、銷售費用是否在本項目中予以剔除。
（9）在計算加計扣除項目基數(shù)時，審核是否剔除了已計入開發(fā)成本的借款費用。
（三）開發(fā)費用的計算
1.    利息支出的審核：
（1）審核各項借款合同判斷其相應條款是否符合有關規(guī)定。
（2）審核各項借款費用是否取得合法有效的憑證。
（3）如果有多個開發(fā)項目，借款費用是否分項目核算，是否將應記入其他項目的借款費用記入了本清算項目。
（4）利息是否超過按商業(yè)銀行同類同期貸款利率，對于逾期貸款的利息和加罰的利息不允許扣除。
2.    核算方法的確定：
（1）利息支出不能夠按轉讓房地產(chǎn)項目計算分攤或提供金融機構證明的，審核其利息支出是否按稅法規(guī)定的比例計算扣除。
（2）開發(fā)項目的利息支出能夠按轉讓房地產(chǎn)項目分攤并提供金融機構證明的，可以據(jù)實扣除。
（四）與轉讓房地產(chǎn)有關的稅金審核
1.    應當確認與轉讓房地產(chǎn)有關的稅金及附加扣除的范圍是否符合稅收有關規(guī)定。
2.    計算的扣除金額是否正確，與完稅憑證核對一致。
3.    不得重復計算印花稅。
4.    編制分稅種的《繳納稅款統(tǒng)計表》。
（五）計算扣除項目時不得加計扣除的規(guī)定
1.    對取得土地（不論是生地還是熟地）使用權后，未進行任何形式的開發(fā)即轉讓的，計算扣除項目金額時，不得加計扣除。2.    對于取得土地使用權后，僅進行土地開發(fā)（如“三通一平”等），不建造房屋即轉讓土地使用權的，是否按稅收規(guī)定計算扣除項目金額，是否按取得土地使用權時支付的地價款和開發(fā)土地的成本之和計算加計扣除。
3.    對于取得了房地產(chǎn)產(chǎn)權后，未進行任何實質性的改良或開發(fā)即再行轉讓的，計算扣除項目金額時，不得加計扣除。
4.    對于縣級以上人民政府要求房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)在售房時代收的各項費用，審核其代收費用是否計入房價并向購買方一并收取，計算扣除項目金額時，不得加計扣除。