國家稅務總局公告2012年第18號規(guī)定，對于股權激勵，在稅收處理上，上市公司等待期內(nèi)會計上計算確認的相關成本費用，在當期不能在計算企業(yè)所得稅應納稅所得額時進行扣除。實施股權激勵的企業(yè)，只有在股權激勵計劃可行權后，按照該股票實際行權時的公允價格(一般是實際行權日該股票收盤價)與當年激勵對象實際行權支付價格的差額及數(shù)量，計算確定作為當年上市公司工資、薪金支出，依照稅法規(guī)定進行稅前扣除。
　　無論是在股權激勵成本費用金額的確認上，還是在扣除時點的確定上，會計準則和稅法都存在明顯的差異，由此導致企業(yè)需要根據(jù)《企業(yè)會計準則第18號——所得稅》規(guī)定的原則進行所得稅會計處理。
　　對于股權激勵的所得稅會計處理問題，國際財務報告準則2號——股份支付(IFRS2 share-based payment)規(guī)定，股份支付在一個會計期間的財務報表中是確認為費用，但在后面的某個會計期間內(nèi)進行稅前扣除，如果后續(xù)扣除時企業(yè)有足夠的應稅利潤，則應該確認這個可抵扣時間性差異，從而確認遞延所得稅資產(chǎn)。遞延所得稅資產(chǎn)的確認是基于稅務機關對于股權激勵在未來可以稅前扣除的金額。因此，遞延所得稅資產(chǎn)的確認要基于對未來股份支付可稅前扣除的估計。如果股票價格的變動影響未來稅前可扣除金額，則對未來可以稅前扣除金額的估計就基于目前的股票價格。但是，當確認的可稅前扣除的金額超過財務報表確認的費用時，超過部分要直接進入權益。
　　財政部在《企業(yè)會計準則講解(2010)》中介紹得比較簡略。對于“與股份支付相關的當期及遞延所得稅”的問題，《企業(yè)會計準則講解(2010)》規(guī)定，與股份支付相關的支出，在按照會計準則規(guī)定確認為成本時，其相關的所得稅影響應區(qū)別于稅法的規(guī)定進行處理。如果稅法規(guī)定與股份支付相關的支出不允許稅前扣除，則不形成暫時性差異;如果稅法規(guī)定與股份支付相關的支出允許稅前扣除，按照會計準則規(guī)定，確認成本費用的期間，企業(yè)應當根據(jù)會計期末取得的信息，估計可稅前扣除的金額計算確定其計稅基礎及由此產(chǎn)生的暫時性差異，符合確認條件的情況下，應當確認相關的遞延所得稅。其中，預計未來期間可稅前扣除的金額，超過按照會計準則規(guī)定確認的與股份支付相關的成本費用，超過部分的所得稅影響，應直接計入所有者權益。
　　《企業(yè)會計準則講解(2010)》在國家稅務總局公告2012年第18號之前出版，當時對于股權激勵的企業(yè)所得稅處理還不明確。國家稅務總局公告2012年第18號出臺后，稅法上允許企業(yè)扣除與股份支付相關的成本費用。因此，在所得稅會計上，企業(yè)應按規(guī)定進行遞延所得稅的處理。但是，《企業(yè)會計準則講解(2010)》規(guī)定得比較原則，其中企業(yè)如何根據(jù)會計期末取得的信息，估計可稅前扣除的金額，計算確定其計稅基礎及由此產(chǎn)生的暫時性差異是問題的核心。