一是會計(jì)處理年度應(yīng)理解為會計(jì)決算年度，納稅申報年度應(yīng)理解為企業(yè)所得稅年度匯算清繳年度，不能把向稅務(wù)機(jī)關(guān)報送年度納稅申報表及資產(chǎn)損失申報材料的時點(diǎn)，理解為會計(jì)處理年度或納稅申報年度。

    二是多繳稅款的處理方式只能是抵扣追補(bǔ)確認(rèn)當(dāng)年的稅款，而不能退稅。追補(bǔ)后發(fā)生虧損的處理方法，應(yīng)先調(diào)整資產(chǎn)損失發(fā)生年度的虧損額，再按彌補(bǔ)虧損的原則計(jì)算以后年度多繳的企業(yè)所得稅稅款，多繳稅款也只能在資產(chǎn)損失追補(bǔ)確認(rèn)當(dāng)年進(jìn)行抵扣。

    三是25號公告第六條規(guī)定了四種特殊情況，經(jīng)國家稅務(wù)總局批準(zhǔn)后可適當(dāng)延長追溯期：因計(jì)劃經(jīng)濟(jì)體制轉(zhuǎn)軌過程中遺留的資產(chǎn)損失、企業(yè)重組上市過程中因權(quán)屬不清出現(xiàn)爭議而未能及時扣除的資產(chǎn)損失、因承擔(dān)國家政策性任務(wù)而形成的資產(chǎn)損失以及政策定性不明確而形成的資產(chǎn)損失。

    （六）實(shí)行清單和專項(xiàng)相結(jié)合的申報管理制度

    根據(jù)25號公告規(guī)定的精神，企業(yè)資產(chǎn)損失按其申報內(nèi)容和要求的不同，分為清單申報和專項(xiàng)申報兩種申報形式。

    25號公告第九條正列舉了五種應(yīng)以清單申報方式向稅務(wù)機(jī)關(guān)申報扣除的損失，采取清單申報扣除的范圍與88號文規(guī)定的自行計(jì)算扣除的資產(chǎn)損失范圍基本一致，清單申報列舉范圍以外的資產(chǎn)損失應(yīng)以專項(xiàng)申報方式向稅務(wù)機(jī)關(guān)申報扣除。企業(yè)無法準(zhǔn)確判別是否屬于清單申報扣除的資產(chǎn)損失，可以采取專項(xiàng)申報扣除。

    清單申報方式下，列舉的損失一般都是企業(yè)正常經(jīng)營管理活動發(fā)生的，損失情況簡單并且業(yè)務(wù)量大，因此，企業(yè)應(yīng)按照內(nèi)部管理控制的要求，做好資產(chǎn)損失的確認(rèn)工作，將損失情況按照會計(jì)核算科目進(jìn)行歸類、匯總，然后將匯總清單報送稅務(wù)機(jī)關(guān)，并保留好相關(guān)資產(chǎn)會計(jì)核算資料和原始憑證及內(nèi)部證明等證據(jù)，以備稅務(wù)機(jī)關(guān)日常檢查。

    專項(xiàng)申報方式下，要求企業(yè)應(yīng)逐項(xiàng)或逐筆報送申請報告，同時附送會計(jì)核算資料及其他相關(guān)的納稅資料。企業(yè)在申報資產(chǎn)損失稅前扣除過程中不符合要求的，稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)要求其改正，企業(yè)拒絕改正的，稅務(wù)機(jī)關(guān)有權(quán)不予受理。

    （七）對跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)實(shí)行雙向申報管理制度

    鑒于跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)實(shí)行“統(tǒng)一計(jì)算、分級管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財(cái)政調(diào)庫”的征收管理辦法，總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)分別接受機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)管理，總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計(jì)算包括企業(yè)所屬各個不具有法人資格的營業(yè)機(jī)構(gòu)、場所在內(nèi)的全部應(yīng)納稅額等實(shí)際情況，25號公告第十一條要求，分支機(jī)構(gòu)發(fā)生的損失除了向當(dāng)?shù)刂鞴芏悇?wù)機(jī)關(guān)申報外，同時應(yīng)上報總機(jī)構(gòu)，再由總機(jī)構(gòu)以清單形式向當(dāng)?shù)刂鞴芏悇?wù)機(jī)關(guān)進(jìn)行申報扣除。這種雙向申報的管理模式，便于總分機(jī)構(gòu)所在地的各級稅務(wù)機(jī)關(guān)能夠全面掌握各地稅源情況，防止出現(xiàn)稅收征管真空。