(二)營業(yè)稅改征增值稅財稅核算難度加大
　　在實行營業(yè)稅征收時，對企業(yè)的會計核算要求比較簡單，營業(yè)稅基本是按照營業(yè)的毛收入征稅，不涉及進項扣除，使用普通發(fā)票即可滿足需求。改征增值稅后除了銷項稅和進項稅的計算之外，還有增值稅專用發(fā)票的規(guī)范使用。現(xiàn)今有部分小企業(yè)的會計核算不夠正規(guī)，在改征增值稅后，對這批小企業(yè)的會計核算提出了更高的要求，這也同時要求小企業(yè)的會計人員要提高相關(guān)業(yè)務(wù)素質(zhì)。除此之外，現(xiàn)行的增值稅會計處理不能將增值稅作為費用核算，會計信息無法充分披露，報表使用人無法確知增值稅對本期損益的影響程度。在營業(yè)稅改征增值稅后，這一缺陷將表現(xiàn)得更加突出。
　　(三) 注重增值稅期末留抵稅額的會計處理
　　營業(yè)稅改征增值稅在上海試點之初，按照試點方案有關(guān)稅收收入歸屬安排，試點期間應(yīng)保持現(xiàn)行財政體制基本穩(wěn)定，原歸屬試點地區(qū)的營業(yè)稅收入，改征增值稅后，收入仍歸屬試點地區(qū)，稅款分別入庫。這項規(guī)定對于經(jīng)營項目單一，即僅銷售貨物或應(yīng)稅勞務(wù)的原增值稅納稅人或僅經(jīng)營“營改增”應(yīng)稅服務(wù)的試點納稅人來說，通過各自的申報，就能夠準確區(qū)分稅收收入的歸屬。但對于兼營“營改增”應(yīng)稅服務(wù)，特別是在試點之前還有上期留抵稅額的原增值稅一般納稅人來說，就存在原歸屬試點地區(qū)的增值稅收入“吃掉”改征后試點地區(qū)營業(yè)稅收入的問題。為準確統(tǒng)計“營改增”對財政收入的影響，財稅[2011]111號附件2《交通運輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營業(yè)稅改征增值稅試點有關(guān)事項的規(guī)定》中規(guī)定，試點地區(qū)的原增值稅一般納稅人兼有應(yīng)稅服務(wù)的，截至2011年12月31日的增值稅期末留抵稅額，不得從應(yīng)稅服務(wù)的銷項稅額中抵扣，以解決這一問題。在國務(wù)院公布第二批“營改增”試點名單后，財政部、國家稅務(wù)總局《關(guān)于在北京等8省市開展交通運輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營業(yè)稅改征增值稅試點的通知》(財稅[2012]71號)將原規(guī)定的“2011年12月31日”修改為“該地區(qū)試點實施之日前”，即所有納入試點地區(qū)原增值稅一般納稅人兼有應(yīng)稅服務(wù)的，截至該地區(qū)試點實施之日前的增值稅期末留抵稅額，不得從應(yīng)稅服務(wù)的銷項稅額中抵扣。但這并不意味著不得抵扣，而是應(yīng)按照規(guī)定的方法計算抵扣。國家稅務(wù)總局《關(guān)于北京等8省市營業(yè)稅改征增值稅試點增值稅納稅申報有關(guān)事項的公告》(國家稅務(wù)總局公告2012年第43號)給出了具體的處理辦法，即按照一般貨物及勞務(wù)銷項稅額比例，來計算可抵扣稅額及應(yīng)納稅額。由于以上問題屬于新老稅制交替階段的特殊業(yè)務(wù)，財會[2012]13號特別規(guī)定了增值稅期末留抵稅額的會計處理，明確試點地區(qū)兼有應(yīng)稅服務(wù)的原增值稅一般納稅人，截止到開始試點當月月初的增值稅留抵稅額，按照營業(yè)稅改征增值稅有關(guān)規(guī)定，不得從應(yīng)稅服務(wù)的銷項稅額中抵扣的，應(yīng)在“應(yīng)交稅費”科目下增設(shè)“增值稅留抵稅額”明細科目。在開始試點當月月初，企業(yè)不得從應(yīng)稅服務(wù)的銷項稅額中抵扣的增值稅留抵稅額，借記“應(yīng)交稅費———增值稅留抵稅額”科目，貸記“應(yīng)交稅費———應(yīng)交增值稅(進項稅額轉(zhuǎn)出)”科目。待以后期間允許抵扣時，按允許抵扣的金額，借記“應(yīng)交稅費———應(yīng)交增值稅(進項稅額)”科目，貸記“應(yīng)交稅費———增值稅留抵稅額”科目。
　　(四)“營改增”財政扶持資金被納入“營業(yè)外科目”
　　根據(jù)稅法相關(guān)規(guī)定，企業(yè)取得的由國務(wù)院財政、稅務(wù)主管部門規(guī)定專項用途并經(jīng)國務(wù)院批準的財政性資金，準予作為不征稅收入，在計算應(yīng)納稅所得額時從收入總額中減除。與此相對應(yīng)的，非專項用途的財政性資金應(yīng)視為應(yīng)稅收入，繳納企業(yè)所得稅。因此，“營改增”試點中的財政扶持資金被納入“營業(yè)外科目”，應(yīng)是屬于非專項用途的財政性資金，按規(guī)定要繳納企業(yè)所得稅。