第二階段從2003年到2009年。執(zhí)行增值稅一般納稅人申請(qǐng)抵扣的防偽稅控系統(tǒng)開具的增值稅專用發(fā)票，必須自該專用發(fā)票開具之日起90日內(nèi)到稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)證，否則不予抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額的政策。在此階段，解決了第一階段存在的問題，對(duì)于可抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的條件界定為“發(fā)票開具之日起90日內(nèi)”和“并到稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)證”兩個(gè)條件，充分體現(xiàn)了“以票控稅”的管理思路，但由于有些企業(yè)從業(yè)務(wù)部門到財(cái)務(wù)部門的流程時(shí)間較長(zhǎng)，常常出現(xiàn)增值稅專用發(fā)票由于過期認(rèn)證兒無法抵扣的問題，造成了企業(yè)增值稅虛增而多繳稅金的問題。

　　第三階段從2010年開始至今。執(zhí)行企業(yè)開具的增值稅專用發(fā)票、公路內(nèi)河貨物運(yùn)輸業(yè)統(tǒng)一發(fā)票和機(jī)動(dòng)車銷售統(tǒng)一發(fā)票，應(yīng)在開具之日起180日內(nèi)到稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理認(rèn)證，并在認(rèn)證通過的次月申報(bào)期內(nèi)，向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額政策。在此階段，盡管認(rèn)證抵扣的時(shí)限由90天調(diào)整為180天，卻依然保持著“以票控稅”的管理思路，對(duì)于企業(yè)發(fā)生的真實(shí)交易，但由于客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期而不能進(jìn)行增值稅抵扣的問題沒有解決。

　　此次下發(fā)的50號(hào)公告規(guī)定：對(duì)增值稅一般納稅人發(fā)生真實(shí)交易但由于客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，經(jīng)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核、逐級(jí)上報(bào)，由國(guó)家稅務(wù)總局認(rèn)證、稽核比對(duì)后，對(duì)比對(duì)相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續(xù)抵扣其進(jìn)項(xiàng)稅額。對(duì)此，我們應(yīng)該理解為，增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額抵扣政策從單純的“以票控稅”的管理思路，調(diào)整為對(duì)于真實(shí)交易行為逾期增值稅扣稅憑證抵扣可以抵扣的政策，并為此制定了《逾期增值稅扣稅憑證抵扣管理辦法》。

　　50號(hào)公告是一個(gè)比較寬泛的政策

　　50號(hào)公告明確，對(duì)增值稅一般納稅人發(fā)生真實(shí)交易但由于客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，經(jīng)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核、逐級(jí)上報(bào)，由國(guó)家稅務(wù)總局認(rèn)證、稽核比對(duì)后，對(duì)比對(duì)相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續(xù)抵扣其進(jìn)項(xiàng)稅額。

　　對(duì)于客觀原因的界定，公告明確有以下6個(gè)方面：（1）因自然災(zāi)害、社會(huì)突發(fā)事件等不可抗力因素造成增值稅扣稅憑證逾期；（2）增值稅扣稅憑證被盜、搶，或者因郵寄丟失、誤遞導(dǎo)致逾期；（3）有關(guān)司法、行政機(jī)關(guān)在辦理業(yè)務(wù)或者檢查中，扣押增值稅扣稅憑證，納稅人不能正常履行申報(bào)義務(wù)，或者稅務(wù)機(jī)關(guān)信息系統(tǒng)、網(wǎng)絡(luò)故障，未能及時(shí)處理納稅人網(wǎng)上認(rèn)證數(shù)據(jù)等導(dǎo)致增值稅扣稅憑證逾期；（4）買賣雙方因經(jīng)濟(jì)糾紛，未能及時(shí)傳遞增值稅扣稅憑證，或者納稅人變更納稅地點(diǎn)，注銷舊戶和重新辦理稅務(wù)登記的時(shí)間過長(zhǎng)，導(dǎo)致增值稅扣稅憑證逾期；（5）由于企業(yè)辦稅人員傷亡、突發(fā)危重疾病或者擅自離職，未能辦理交接手續(xù)，導(dǎo)致增值稅扣稅憑證逾期；（6）國(guó)家稅務(wù)總局規(guī)定的其他情形。