對新設(shè)立的二級分支機構(gòu)，第十六條第二款、第三款明確了兩種例外情形，即不視同新設(shè)二級分支機構(gòu)的情形，主要考慮這些機構(gòu)之前已經(jīng)存在并已就地分攤繳納稅款，重組之后繼續(xù)作為二級分支機構(gòu)管理的，按照實質(zhì)重于形式的原則，不應(yīng)作為新設(shè)分支機構(gòu)，應(yīng)該按規(guī)定繼續(xù)計算分攤并就地繳納稅款。具體包括企業(yè)外部重組與內(nèi)部重組兩種情形：（1）匯總納稅企業(yè)當年由于重組等原因從其他企業(yè)取得重組當年之前已存在的二級分支機構(gòu)，并作為本企業(yè)二級分支機構(gòu)管理的，該二級分支機構(gòu)不視同當年新設(shè)立的二級分支機構(gòu)，應(yīng)按辦法規(guī)定計算分攤并就地繳納企業(yè)所得稅。（2）匯總納稅企業(yè)內(nèi)就地分攤繳納企業(yè)所得稅的總機構(gòu)、二級分支機構(gòu)之間，發(fā)生合并、分立、管理層級變更等形成的新設(shè)或存續(xù)的二級分支機構(gòu)，不視同當年新設(shè)立的二級分支機構(gòu),應(yīng)按辦法規(guī)定計算分攤并就地繳納企業(yè)所得稅。

　　七、分支機構(gòu)計算分攤稅款的三個因素如何確定？計算分攤稅款的比例是否調(diào)整？

　?。ㄒ唬?ldquo;三因素”的確定?！掇k法》第十五條明確規(guī)定，總機構(gòu)應(yīng)按照上年度分支機構(gòu)的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額三個因素計算各分支機構(gòu)分攤所得稅款的比例。這就將“三因素”的所屬區(qū)間統(tǒng)一限定為“上年度”，改變了28號文件對“三因素”所屬區(qū)間“1-6月份按上上年度，7-12月份按上年度”的規(guī)定，保證了一個納稅年度內(nèi)上半年預(yù)繳、下半年預(yù)繳以及匯算清繳都采用一個所屬區(qū)間的“三因素”數(shù)額計算分配比例，還可以克服新設(shè)立企業(yè)第二年上半年因沒有上上年度“三因素”數(shù)額而無法參與就地分攤繳稅的問題。

　　第十七條又細化了“三因素”的具體所屬區(qū)間和具體內(nèi)涵，即上年度分支機構(gòu)的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額，是指分支機構(gòu)上年度全年的營業(yè)收入、職工薪酬數(shù)據(jù)和上年度12月31日的資產(chǎn)總額數(shù)據(jù)，是依照國家統(tǒng)一會計制度的規(guī)定核算的數(shù)據(jù)。明確了“三因素”是會計核算數(shù)據(jù)，而不是《企業(yè)所得稅法》規(guī)定的概念，不需要進行納稅調(diào)整，這可以提高“三因素”的確定性，減少總分支機構(gòu)主管稅務(wù)機關(guān)之間的分歧。

　?。ǘ┓謹偠惪畋壤恼{(diào)整。第十五條規(guī)定，分支機構(gòu)分攤比例按《辦法》規(guī)定方法一經(jīng)確定后，當年一般不作調(diào)整，即在當年預(yù)繳稅款和匯算清繳時均采用同一分攤比例。針對上市公司等在首次預(yù)繳分攤采用的“三因素”與其后經(jīng)過注冊會計師審計的“三因素”數(shù)據(jù)存在差異的情況，第十七條進一步說明，一個納稅年度內(nèi)，總機構(gòu)首次計算分攤稅款時采用的分支機構(gòu)“三因素”數(shù)據(jù)，與此后經(jīng)過中國注冊會計師審計確認的數(shù)據(jù)不一致的，不作調(diào)整，保證了年度內(nèi)分攤比例的一致性。