五、對二級(jí)分支機(jī)構(gòu)查補(bǔ)稅款如何計(jì)算？如何在總分機(jī)構(gòu)之間進(jìn)行分?jǐn)?？依?jù)的原則是什么？

　　稅務(wù)總局廣泛征求了財(cái)政部、各省市國地稅局以及部分納稅人的意見。綜合各方反饋意見，對二級(jí)分支機(jī)構(gòu)查補(bǔ)稅款計(jì)算與分?jǐn)側(cè)霂靻栴}的處理要遵循三個(gè)原則，一是要堅(jiān)持法人所得稅制，二是要遵循40號(hào)文件的基本分配框架，三是要盡量提高二級(jí)分支機(jī)構(gòu)所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)就地監(jiān)管的積極性。

　　基于此，《辦法》第二十八條明確，二級(jí)分支機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)可自行對其主管二級(jí)分支機(jī)構(gòu)實(shí)施稅務(wù)檢查，但對查補(bǔ)稅款的計(jì)算應(yīng)按照法人所得稅制的要求進(jìn)行，不得侵犯納稅人的合法權(quán)益。同時(shí)明確，對二級(jí)分支機(jī)構(gòu)的查補(bǔ)稅款，50%應(yīng)分配給總機(jī)構(gòu)繳納（總機(jī)構(gòu)所在地和中央國庫待分配賬戶各占25%），50%分配給參與檢查的二級(jí)分支機(jī)構(gòu)繳納，沒參與檢查的其他二級(jí)分支機(jī)構(gòu)不參與查補(bǔ)稅款的分配。這樣，既堅(jiān)持了40號(hào)文件的基本分配格局，又適當(dāng)體現(xiàn)了對就地監(jiān)管努力的尊重，有利于提高征管效率，堵塞征管漏洞。另外，對這一問題的處理，也將在稅務(wù)總局與財(cái)政部、中國人民銀行聯(lián)合發(fā)布的文件中得到體現(xiàn)。

　　六、跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)哪些機(jī)構(gòu)就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅？哪些機(jī)構(gòu)不就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅？

　　（一）就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅的機(jī)構(gòu)。《辦法》第四條規(guī)定：總機(jī)構(gòu)和具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能的二級(jí)分支機(jī)構(gòu)，就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅。二級(jí)分支機(jī)構(gòu)，是指匯總納稅企業(yè)依法設(shè)立并領(lǐng)取非法人營業(yè)執(zhí)照（登記證書），且總機(jī)構(gòu)對其財(cái)務(wù)、業(yè)務(wù)、人員等直接進(jìn)行統(tǒng)一核算和管理的分支機(jī)構(gòu)。這是對二級(jí)分支機(jī)構(gòu)法律形式和運(yùn)營特點(diǎn)的一般概括。

　　辦法同時(shí)明確了一種視同二級(jí)分支機(jī)構(gòu)的情形，屬于二級(jí)分支機(jī)構(gòu)特例。第十六條第一款規(guī)定：總機(jī)構(gòu)設(shè)立具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能的部門（非辦法第四條規(guī)定的二級(jí)分支機(jī)構(gòu)），且該部門的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額與管理職能部門分開核算的，可將該部門視同一個(gè)二級(jí)分支機(jī)構(gòu)，按辦法規(guī)定計(jì)算分?jǐn)偛⒕偷乩U納企業(yè)所得稅；該部門與管理職能部門的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額不能分開核算的，該部門不得視同一個(gè)二級(jí)分支機(jī)構(gòu)，不得按辦法規(guī)定計(jì)算分?jǐn)偛⒕偷乩U納企業(yè)所得稅。

　?。ǘ┎痪偷胤?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅的機(jī)構(gòu)?！掇k法》第五條明確了不就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅的二級(jí)分支機(jī)構(gòu)，具體包括：（1）不具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能，且在當(dāng)?shù)夭焕U納增值稅、營業(yè)稅的產(chǎn)品售后服務(wù)、內(nèi)部研發(fā)、倉儲(chǔ)等匯總納稅企業(yè)內(nèi)部輔助性的二級(jí)分支機(jī)構(gòu)，不就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅。（2）上年度認(rèn)定為小型微利企業(yè)的，其二級(jí)分支機(jī)構(gòu)不就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅。（3）新設(shè)立的二級(jí)分支機(jī)構(gòu)，設(shè)立當(dāng)年不就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅。（4）當(dāng)年撤銷的二級(jí)分支機(jī)構(gòu)，自辦理注銷稅務(wù)登記之日所屬企業(yè)所得稅預(yù)繳期間起，不就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅。（5）匯總納稅企業(yè)在中國境外設(shè)立的不具有法人資格的二級(jí)分支機(jī)構(gòu)，不就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅。