某建筑企業(yè)（以下簡稱總公司）設有一個二級機構甲分公司，2012年在異地設有直接管理的項目部A和B，甲分公司在異地設有管理的項目部C.A項目部不獨立核算，采用向總公司報賬制管理方式，B和C項目部的經(jīng)營收入、職工工資和資產總額與總公司分開核算。2012年一季度總公司共取得利潤2000萬元，其中甲分公司取得利潤1000萬元，總公司直接管理的項目部A取得利潤 500萬元，項目部B取得利潤400萬元。該建筑企業(yè)是實行查賬征收，按照實際利潤額預繳企業(yè)所得稅的居民納稅人，假設以前年度無可彌補虧損。

    二級分支機構的判定

    《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法》（國稅發(fā)[2008]28號）規(guī)定，總機構和具有主體生產經(jīng)營職能的二級分支機構，就地分期預繳企業(yè)所得稅。總機構設立具有獨立生產經(jīng)營職能部門，且具有獨立生產經(jīng)營職能部門的經(jīng)營收入、職工工資和資產總額與管理職能部門分開核算的，可將具有獨立生產經(jīng)營職能的部門視同一個分支機構，就地預繳企業(yè)所得稅。《國家稅務總局關于跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理若干問題的通知》（國稅函[2009]221號）關于二級分支機構的判定問題進一步明確，二級分支機構是指總機構對其財務、業(yè)務、人員等直接進行統(tǒng)一核算和管理的領取非法人營業(yè)執(zhí)照的分支機構。因此，甲分公司二級機構就地分期預繳企業(yè)所得稅；B項目部雖然不是二級分支機構，但是作為總公司設立具有獨立生產經(jīng)營職能部門，其經(jīng)營收入、職工工資和資產總額與總公司分開核算，B項目部視同一個分支機構，也可以就地預繳企業(yè)所得稅。

    二級分支機構及其下屬機構均由二級分支機構集中就地預繳企業(yè)所得稅；三級及以下分支機構不就地預繳企業(yè)所得稅，其經(jīng)營收入、職工工資和資產總額統(tǒng)一計入二級分支機構。C項目部的經(jīng)營收入、職工工資和資產總額與總公司雖然可以分開核算。但C項目部是二級分支機構下屬機構，不就地預繳企業(yè)所得稅。由二級分支機構甲分公司集中就地預繳企業(yè)所得稅。具有獨立生產經(jīng)營職能部門與管理職能部門的經(jīng)營收入、職工工資和資產總額不能分開核算的，具有獨立生產經(jīng)營職能的部門不得視同一個分支機構，不就地預繳企業(yè)所得稅。A項目部采用向總公司報賬制管理方式，不獨立核算也不就地預繳企業(yè)所得稅。

    各機構應納稅款的計算與填報

    《國家稅務總局關于跨地區(qū)經(jīng)營建筑企業(yè)所得稅征收管理問題的通知》（國稅函[2010]156號）規(guī)定，建筑企業(yè)總機構直接管理的跨地區(qū)設立的項目部，應按項目實際經(jīng)營收入的0.2%按月或按季由總機構向項目所在地預繳企業(yè)所得稅，并由項目部向所在地主管稅務機關預繳。在異地設有直接管理的項目部A和B，但B項目視同一個分支機構就地預繳企業(yè)所得稅，因此不適用上述規(guī)定。A項目部就地預分企業(yè)所得稅500×0.2%＝1（萬元）。填在《企業(yè)所得稅月（季）度預繳納稅申報表（A類）》“特定業(yè)務預繳（征）所得稅額”欄。