三、在年度企業(yè)所得稅匯算清繳中應(yīng)注意的問題。根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)所得稅稅收優(yōu)惠管理問題的補(bǔ)充通知》（國稅函〔2009〕255號(hào)）規(guī)定，自2008年1月1日起，國家制定的各項(xiàng)稅收優(yōu)惠政策，凡未明確為審批事項(xiàng)的，均實(shí)行備案管理。備案管理又分為事先備案和事后報(bào)送相關(guān)資料兩種方式，具體劃分除國家稅務(wù)總局確定外，其他由各省級(jí)國稅局、地稅局在協(xié)商一致的基礎(chǔ)上確定。該文件同時(shí)規(guī)定，列入事先備案的稅收優(yōu)惠，納稅人應(yīng)向稅務(wù)機(jī)關(guān)報(bào)送相關(guān)資料，提請(qǐng)備案，經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)登記備案后執(zhí)行。對(duì)需要事先向稅務(wù)機(jī)關(guān)備案而未按規(guī)定備案的，納稅人不得享受稅收優(yōu)惠；經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)審核不符合稅收優(yōu)惠條件的，稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)書面通知納稅人不得享受稅收優(yōu)惠。列入事后報(bào)送相關(guān)資料的稅收優(yōu)惠，納稅人應(yīng)按照企業(yè)所得稅法及其實(shí)施條例和其他相關(guān)稅收規(guī)定，在年度納稅申報(bào)時(shí)附報(bào)相關(guān)資料，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核后如發(fā)現(xiàn)其不符合享受稅收優(yōu)惠政策條件的，應(yīng)取消其自行享受的稅收優(yōu)惠，并相應(yīng)追繳稅款。

根據(jù)以上政策規(guī)定，稅務(wù)機(jī)關(guān)在對(duì)享受稅收優(yōu)惠的小型微利企業(yè)所得稅匯算清繳中應(yīng)注意以下兩方面的事項(xiàng)。

一是備案管理。目前有的稅務(wù)機(jī)關(guān)將小型微利企業(yè)所得稅優(yōu)惠列入事先備案，也有的列入事后報(bào)送相關(guān)資料。但是,不論是采取事先備案還是事后報(bào)送相關(guān)資料的管理方式，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)都必須對(duì)企業(yè)提供相關(guān)證明材料進(jìn)行審核認(rèn)定，對(duì)事先應(yīng)向稅務(wù)機(jī)關(guān)備案或事后應(yīng)向稅務(wù)機(jī)關(guān)報(bào)送相關(guān)證明材料而未按規(guī)定提供備案或報(bào)送相關(guān)資料的，以及經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)審核不符合條件的，均不得享受企業(yè)所得稅的優(yōu)惠。優(yōu)惠條件備案認(rèn)定，實(shí)行動(dòng)態(tài)管理，每年認(rèn)定一次。

二是備案或報(bào)送的資料。包括稅收優(yōu)惠備案表，企業(yè)職工月度工資表或花名冊(cè)，接受勞務(wù)派遣用工的協(xié)議，資產(chǎn)負(fù)債表，年度企業(yè)所得稅納稅申報(bào)表，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)要求報(bào)送的其他資料。

三是稅務(wù)機(jī)關(guān)審核。納稅年度終了后，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)要根據(jù)企業(yè)當(dāng)年的有關(guān)指標(biāo)，核實(shí)企業(yè)當(dāng)年是否符合小型微利企業(yè)條件。企業(yè)當(dāng)年有關(guān)指標(biāo)不符合小型微利企業(yè)條件，但已按優(yōu)惠稅率計(jì)算繳納所得稅的，在年度匯算清繳時(shí)應(yīng)當(dāng)追繳其稅款。如符合小型微利企業(yè)條件的，在下一年預(yù)繳申報(bào)時(shí)可以直接按小型微利企業(yè)優(yōu)惠規(guī)定和適用稅率預(yù)繳企業(yè)所得稅。