1.資料受理。主管稅務(wù)機(jī)關(guān)接到企業(yè)的年度所得稅納稅申報表和有關(guān)資料后，應(yīng)檢查企業(yè)報送的資料是否齊全，如發(fā)現(xiàn)企業(yè)未按規(guī)定報齊有關(guān)附表、文件等資料，應(yīng)責(zé)令限期補(bǔ)齊；對填報項目不完整的，應(yīng)退回企業(yè)并責(zé)令限期補(bǔ)正。 

　　2.資料審核。對企業(yè)報送的有關(guān)資料，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)就以下幾個方面內(nèi)容進(jìn)行審核：

　　(1)企業(yè)年度所得稅納稅申報表及其附表與年度財務(wù)會計報告的數(shù)字是否一致，各項目之間的邏輯關(guān)系是否對應(yīng)，計算是否正確。

　　(2)企業(yè)是否按規(guī)定結(jié)轉(zhuǎn)或彌補(bǔ)以前年度虧損額。

　　(3)企業(yè)是否符合稅收減免條件。

　　(4)企業(yè)在中國境內(nèi)設(shè)立兩個或者兩個以上機(jī)構(gòu)、場所，選擇由其主要機(jī)構(gòu)、場所匯總繳納企業(yè)所得稅的，是否經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)審核批準(zhǔn)，以及各機(jī)構(gòu)、場所賬表所記載涉及計算應(yīng)納稅所得額的各項數(shù)據(jù)是否準(zhǔn)確。

　　(5)企業(yè)有來源于中國境外的應(yīng)納稅所得額的，境外所得應(yīng)補(bǔ)企業(yè)所得稅額是否正確。

　　(6)企業(yè)已預(yù)繳稅款填寫是否正確。 

　　3.結(jié)清稅款。主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)結(jié)合季度所得稅申報表及日常征管情況，對企業(yè)報送的年度申報表及其附表和其他有關(guān)資料進(jìn)行初步審核，在5月31日前，對應(yīng)補(bǔ)繳所得稅、應(yīng)辦理退稅的企業(yè)發(fā)送《非居民企業(yè)所得稅匯算清繳涉稅事宜通知書》，并辦理稅款多退少補(bǔ)事宜。

　　4.實施處罰。主管稅務(wù)機(jī)關(guān)對企業(yè)未按《辦法》規(guī)定辦理年度所得稅申報，應(yīng)按照規(guī)定實施處罰；必要時發(fā)送《非居民企業(yè)所得稅應(yīng)納稅款核定通知書》，核定企業(yè)年度應(yīng)納稅額，責(zé)令其繳納。 

　　5.匯總申報協(xié)調(diào)。

　　(1)匯繳機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)在接受企業(yè)年度所得稅匯總申報后，應(yīng)于5月31日前為企業(yè)出具《非居民企業(yè)匯總申報所得稅證明》。 

　　(2)匯繳機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)對企業(yè)的匯總申報資料進(jìn)行審核時，對其他機(jī)構(gòu)的情況有疑問需要進(jìn)一步審核的，可以向其他機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)發(fā)送《非居民企業(yè)匯總申報納稅事項協(xié)查函》(見附件1)，其他機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)負(fù)責(zé)就協(xié)查事項進(jìn)行調(diào)查核實，并將結(jié)果函復(fù)匯繳機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)。 

　　(3)其他機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)在日常管理或稅務(wù)檢查中，發(fā)現(xiàn)其他機(jī)構(gòu)有少計收入或多列成本費用等所得稅的問題，應(yīng)將有關(guān)情況及時向匯繳機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)發(fā)送《非居民企業(yè)匯總申報納稅事項處理聯(lián)絡(luò)函》(見附件2)。 

　　(4)其他機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)按照《辦法》規(guī)定對其他機(jī)構(gòu)就地征收稅款或調(diào)整虧損額的，應(yīng)及時將征收稅款及應(yīng)納稅所得額調(diào)整額以《非居民企業(yè)匯總申報納稅事項處理聯(lián)絡(luò)函》通知匯繳機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)，匯繳機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)對企業(yè)應(yīng)納稅所得額及應(yīng)納稅總額作相應(yīng)調(diào)整，并在應(yīng)補(bǔ)(退)稅額中減除已在其他機(jī)構(gòu)所在地繳納的稅款。