（二）企業(yè)扣除類中的疑難問題處理
1、企業(yè)發(fā)生的合理的工資薪金支出稅前扣除需要符合哪些條件？
根據《國家稅務總局關于企業(yè)工資薪金及職工福利費扣除問題的通知》（國稅函〔2009〕3號）規(guī)定，《企業(yè)所得稅法實施條例》第三十四條所稱的“合理工資薪金”，是指企業(yè)按照股東大會、董事會、薪酬委員會或相關管理機構制訂的工資薪金制度規(guī)定實際發(fā)放給員工的工資薪金。稅務機關在對工資薪金進行合理性確認時，可按以下原則掌握：
⑴企業(yè)制訂了較為規(guī)范的員工工資薪金制度；
⑵企業(yè)所制訂的工資薪金制度符合行業(yè)及地區(qū)水平；
⑶企業(yè)在一定時期所發(fā)放的工資薪金是相對固定的，工資薪金的調整是有序進行的；
⑷企業(yè)對實際發(fā)放的工資薪金，已依法履行了代扣代繳個人所得稅義務
⑸有關工資薪金的安排，不以減少或逃避稅款為目的。
屬于國有性質的企業(yè)，其準予稅前扣除的工資薪金支出，不得超過政府有關部門給予的限定數額；超過部分，不得計入企業(yè)工資薪金總額，也不得在計算企業(yè)應納稅所得額時扣除。
《勞動和社會保障部關于建立勞動用工備案制度的通知》（勞社部發(fā)[2006]46號）第二條規(guī)定“從2007年起，我國境內所有用人單位招用依法形成勞動關系的職工，都應到登記注冊地的縣級以上勞動保障行政部門辦理勞動用工備案手續(xù)。”因此，企業(yè)只有與其員工簽定書面勞動合同并報經勞動部門備案，其合理的工資薪金才能稅前扣除。
2、企業(yè)2011年1月發(fā)放20010年12月計提的職工工資以及年終獎，這部分跨年度發(fā)放的工資及獎金是否可在2010年度企業(yè)所得稅匯算清繳時稅前扣除？
企業(yè)在匯算清繳期限內發(fā)放且屬于匯算清繳年度應負擔的合理的工資薪金支出，可認定為納稅年度實際發(fā)生，在工資薪金支出所屬納稅年度可以稅前扣除。在匯算清繳期限終了后補發(fā)上年或者以前納稅年度合理的工資薪金支出的，應在工資薪金支出實際發(fā)放年度稅前扣除。
3、企業(yè)為職工支付的補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，是否可以稅前扣除？若企業(yè)依照財務會計制度有關規(guī)定，在應付福利費科目中列支補充養(yǎng)老保險費和補充養(yǎng)老保險費，如何進行所得稅處理？
根據《財政部國家稅務總局關于補充養(yǎng)老保險費補充醫(yī)療保險費有關企業(yè)所得稅政策問題的通知》（財稅〔2009〕27號）規(guī)定，自2008年1月1日起，企業(yè)根據國家有關政策規(guī)定，為在本企業(yè)任職或者受雇的全體員工支付的補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除；超過的部分，不予扣除。