新企業(yè)所得稅納稅申報主表以會計核算為基礎(chǔ)，以稅法規(guī)定為標準進行間接納稅調(diào)整，即在利潤總額的基礎(chǔ)上通過納稅調(diào)整，確定年度應稅所得額。因反映在利潤總額中的投資收益并不等于企業(yè)所得稅法所規(guī)定的權(quán)益性投資收益，按權(quán)益法核算的長期股權(quán)投資收益和稅法上確認的投資收益不一致，所以在計算應稅所得額時，應對權(quán)益法下核算的長期股權(quán)投資收益進行納稅調(diào)整。
　　一、權(quán)益法下長期股權(quán)投資對初始投資成本調(diào)整確認收益的調(diào)整
　　權(quán)益法核算下企業(yè)取得的長期股權(quán)投資，初始投資成本小于取得投資時應享有的被投資單位可辨認凈資產(chǎn)公允價值份額的，應對長期股權(quán)投資賬面價值進行調(diào)整，計人取得投資當期的損益。而企業(yè)所得稅法規(guī)定企業(yè)對外進行權(quán)益性投資，通過支付現(xiàn)金取得的投資資產(chǎn)，以購買價為成本；通過支付現(xiàn)金以外的方式取得的投資資產(chǎn)，以該項資產(chǎn)的公允價值和支付的相關(guān)稅費為成本；初始投資成本小于被投資單位凈資產(chǎn)公允價值的部分不計入計稅所得額，計算所得稅時應作納稅調(diào)整調(diào)減項目處理。
　　[例1]甲企業(yè)于2007年1月取得對乙公司40%的股權(quán)，支付價款1500萬元，取得被投資單位凈資產(chǎn)公允價值4000萬元；甲企業(yè)對該項投資采用權(quán)益法核算；長期股權(quán)投資的初始成本1500萬元小于取得投資時應享有被投資單位可辨認的凈資產(chǎn)公允價值1600萬，差額100萬元在會計核算作為營業(yè)外收入處理，計算應納所得稅時，納稅調(diào)整減少金額100萬元。
　　二、權(quán)益法下長期股權(quán)投資持有期間投資損益的調(diào)整
　　企業(yè)取得長期股權(quán)投資后，采用權(quán)益法核算的，應按照應享有或應分擔被投資單位實現(xiàn)的凈利潤或發(fā)生的凈虧損份額，調(diào)整長期股權(quán)投資的賬面價值，并確認為當期損益。而在計算所得稅時，這部分投資收益并不計入應稅所得額；被投資單位發(fā)生的損失，按稅法規(guī)定由被投資單位進行彌補，投資單位不得將權(quán)益法下確認的投資損失在所得稅前扣除，因此需要做納稅調(diào)整處理。來源：會計師事務所
　　[例2]A公司2006年12月取得B公司40%的股權(quán)，采用權(quán)益法核算；B公司2007年實現(xiàn)凈利潤3000萬元；A公司按持股比例應享有被投資單位的凈利潤1200萬元，在會計核算上作為貸記投資收益處理，增加當期利潤總額；但是該項投資收益按稅法規(guī)定不計入應稅所得納稅，因此計算納稅時應調(diào)減應稅所得額1200萬元；如果B公司2007年虧損3000萬元，企業(yè)在會計核算上已作借記投資收益處理，減少當期利潤總額，因該項投資損失不能在稅前扣除，故納稅調(diào)增增加額1200萬元。
　　三、權(quán)益法下投資企業(yè)從被投資單位分得現(xiàn)金股利或利潤的調(diào)整