（二）對開發(fā)土地和新建房及配套設施的成本（簡稱開發(fā)成本）中的土地征用及拆遷補償費、前期工程費、建筑安裝工程費、基礎設施費、公共配套設施費、開發(fā)間接費用等支出。
    房地產(chǎn)開發(fā)成本中公共配套設施費的扣除范圍確認，以房地產(chǎn)開發(fā)中必須建造、但不能有償轉(zhuǎn)讓的非營利性的社會公共事業(yè)設施所發(fā)生的支出確定。非營利性的社會公共事業(yè)設施主要是指：物業(yè)辦公場所、變電站、熱力站、水廠、居委會、派出所、托兒所、幼兒園、學校、醫(yī)院、郵電通訊、自行車棚、公共廁所等。由于各開發(fā)項目配套設施情況不同，必須先確定允許扣除的配套設施面積后再計算分攤。
    對于成片開發(fā)分期清算項目的公共配套設施費用，在先期清算時應按實際發(fā)生的費用進行分攤。
    對于后期清算時實際支付的公共配套設施費用分攤比例大于前期的金額時，允許在整體項目全部清算時，按照整體項目重新進行調(diào)整分攤。
    （三）對開發(fā)土地和新建房及配套設施的費用（銷售費用、管理費用、財務費用）扣除的確定，對財務費用中的利息支出凡能夠按清算項目計算分攤并提供金融機構證明的，允許據(jù)實扣除，但最高不能超過按商業(yè)銀行同類同期貸款利率計算的金額。其他房地產(chǎn)開發(fā)費用，按取得土地使用權所支付的金額和房地產(chǎn)開發(fā)成本計算的金額之和的5％計算扣除。
    對財務費用中的利息支出凡不能按清算項目計算分攤或提供金融機構利息證明的，利息不能單獨扣除，房地產(chǎn)開發(fā)費用采用按率扣除的方法，以取得土地使用權所支付的金額和房地產(chǎn)開發(fā)成本計算的金額之和的10％進行計算扣除。
    （四）與轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關的稅金。
    （五）財政部規(guī)定的其他扣除項目。
    第十八條 對開發(fā)土地和新建房及配套設施的成本（簡稱開發(fā)成本）中的前期工程費、建筑安裝工程費、基礎設施費、開發(fā)間接費用等，按有效憑證金額據(jù)實扣除。對納稅人進行土地增值稅清算時，有下列情況之一的，應按核定辦法扣除：
    （一）無法按清算要求提供開發(fā)成本核算資料的；
    （二）提供的開發(fā)成本資料不實的；
    （三）發(fā)現(xiàn)《鑒證報告》內(nèi)容有問題的；
    （四）清算項目中的前期工程費、建筑安裝工程費、基礎設施費、開發(fā)間接費用的每平方米建安成本扣除額，明顯高于北京市地方稅務局制定的《分類房產(chǎn)單位面積建安造價表》中公布的每平方米工程造價金額，又無正當理由的。
    第十九條 主管稅務機關對四項成本核定扣除的，應向納稅人開具《土地增值稅四項成本核定通知書》（附件11）。
    第二十條 地方稅務機關根據(jù)建設部門定期公布的建安指導價格，結(jié)合商品房用途、結(jié)構等因素制定《分類房產(chǎn)單位面積建安造價表》，作為第十八條所列四項開發(fā)成本核定的依據(jù)。《分類房產(chǎn)單位面積建安造價表》及核算方法，由市地方稅務局另行制定下發(fā)。
    第五章 清算管理
    第二十一條 各區(qū)縣地方稅務局要做好土地增值稅的清算管理工作，認真查驗和審核清算企業(yè)報送的《鑒證報告》內(nèi)容及相關資料，在審查清算項目過程中因鑒證事項或其他問題需要納稅人進一步補充與清算項目相關的證明資料時，決定暫停清算，應向納稅人開具《土地增值稅清算中止核準通知書》（附件7），待納稅人重新補充證明資料后，再辦理稅款清算手續(xù)。
    第二十二條 主管地方稅務機關經(jīng)過清算審核后，決定對納稅人申請的清稅項目不予核準的，應向納稅人開具《土地增值稅清算終止核準通知書》（見附件8）。
    第二十三條 主管地方稅務機關經(jīng)過清算審核后，決定對納稅人申請的清稅項目予以核準的，應向納稅人開具《土地增值稅清算核準通知書》（見附件10）。
    第二十四條 主管地方稅務機關應加強對清算項目的監(jiān)督檢查，按照本地區(qū)工作的實際情況，稽查部門可對已清算項目進行抽查檢查。在清算中有下列情況的之一的，審核部門應在清算完成后將項目情況提交稽查部門，作為重點檢查對象：
    （一）納稅人辦理清稅時，發(fā)生《鑒證報告》內(nèi)容不規(guī)范，退回重報的；
    （二）納稅人辦理清稅后，根據(jù)《鑒證報告》發(fā)生退稅的。