《企業(yè)所得稅法》及新《營業(yè)稅暫行條例》及細(xì)則實施后，總機構(gòu)向分支機構(gòu)收取管理費不可在稅前扣除，而是按獨立交易原則確認(rèn)。因此，上述各地關(guān)于總機構(gòu)管理費不征或免征營業(yè)稅的規(guī)定自然失效。

　　那么，總機構(gòu)向分支機構(gòu)收取管理費如何繳納營業(yè)稅，我們可以就不同情況進(jìn)行分析：

　　一、總分公司之間收取管理費的情況。新《營業(yè)稅暫行條例實施細(xì)則》對“有營業(yè)稅納稅義務(wù)的單位”的解釋為：發(fā)生應(yīng)稅行為并收取貨幣、貨物或者其他經(jīng)濟(jì)利益的單位，但不包括單位依法不需要辦理稅務(wù)登記的內(nèi)設(shè)機構(gòu)。該規(guī)定解決了分公司或分支機構(gòu)可以單獨作為納稅人問題，同時解決單位內(nèi)部發(fā)生應(yīng)稅行為不納稅問題。內(nèi)設(shè)機構(gòu)通常不能單獨用本機構(gòu)的名義行使職權(quán)，要通過所從屬的獨立機構(gòu)的名義來行使所賦予的職權(quán)。

　　因此，對總分公司之間收取管理費或服務(wù)費，對收取一方如果是不需辦理稅務(wù)登記的內(nèi)設(shè)機構(gòu)，則不繳納營業(yè)稅。

　　二、母子公司之間收取管理費的情況。母子公司都是法人企業(yè)，均為營業(yè)稅的納稅人，相互之間提供勞務(wù)應(yīng)按正常的勞務(wù)進(jìn)行處理，這一點與國家稅務(wù)總局《關(guān)于母子公司間提供服務(wù)支付費用有關(guān)企業(yè)所得稅處理問題的通知》（國稅發(fā)〔2008〕86號）的規(guī)定是一致的，對母公司向其子公司提供各項服務(wù)，雙方應(yīng)簽訂服務(wù)合同或協(xié)議，明確規(guī)定提供服務(wù)的內(nèi)容、收費標(biāo)準(zhǔn)及金額等，凡按上述合同或協(xié)議規(guī)定所發(fā)生的服務(wù)費，母公司應(yīng)作為營業(yè)收入申報納稅，子公司作為成本費用在稅前扣除。但母公司以管理費形式向子公司提取費用，子公司因此支付給母公司的管理費，不得在稅前扣除，同時對母公司自行收取的管理費，應(yīng)該屬于服務(wù)性質(zhì)的收費，應(yīng)按“服務(wù)業(yè)”稅目繳納營業(yè)稅。

　　三、向非居民企業(yè)支付管理費的情況。根據(jù)《營業(yè)稅暫行條例實施細(xì)則》第四條對境內(nèi)提供條例規(guī)定的勞務(wù)的界定：提供或者接受條例規(guī)定勞務(wù)的單位或者個人在境內(nèi)，因此，對中國境內(nèi)企業(yè)接受境外企業(yè)的管理服務(wù)而支付的管理費，由于接受方在中國境內(nèi)，也應(yīng)繳納營業(yè)稅。