討論總機(jī)構(gòu)收取的管理費(fèi)是否繳納營業(yè)稅，首先要了解總機(jī)構(gòu)管理費(fèi)的企業(yè)所得稅規(guī)定，因?yàn)榭倷C(jī)構(gòu)收取管理費(fèi)的營業(yè)稅處理規(guī)定源于企業(yè)所得稅的規(guī)定。原《外商投資和外國企業(yè)所得稅法》規(guī)定，企業(yè)不得列支向其關(guān)聯(lián)企業(yè)支付的管理費(fèi)。原《企業(yè)所得稅法》規(guī)定，凡具備企業(yè)法人資格和綜合管理職能，并且為其下屬分支機(jī)構(gòu)和企業(yè)提供管理服務(wù)又無固定經(jīng)營收入來源的經(jīng)營管理與控制中心機(jī)構(gòu)（以下簡稱總機(jī)構(gòu)），可以按照有關(guān)規(guī)定，向下屬分支機(jī)構(gòu)和企業(yè)提?。ǚ?jǐn)偅┛倷C(jī)構(gòu)管理費(fèi)。

　　新《企業(yè)所得稅法》第四十九條規(guī)定，企業(yè)之間支付的管理費(fèi)不得扣除。該文件明確，無論是內(nèi)資企業(yè)還是外資企業(yè)，無論接受關(guān)聯(lián)方還是非關(guān)聯(lián)方提供的管理或其他形式的管理服務(wù)而發(fā)生的管理費(fèi)，均不得扣除。企業(yè)之間支付的管理費(fèi)，既有總分機(jī)構(gòu)之間因總機(jī)構(gòu)提供管理服務(wù)而分?jǐn)偟暮侠砉芾碣M(fèi)，也有獨(dú)立法人的母子公司等集團(tuán)之間提供的管理費(fèi)。由于企業(yè)所得稅法采取法人所得稅制，對總分機(jī)構(gòu)之間因總機(jī)構(gòu)提供管理服務(wù)而分?jǐn)偟暮侠砉芾碣M(fèi)，通過總分機(jī)構(gòu)自動匯總得到解決。對屬于不同獨(dú)立法人的母子公司之間，其真實(shí)發(fā)生的提供管理服務(wù)的管理費(fèi)，應(yīng)按照獨(dú)立企業(yè)之間公平交易原則確定管理服務(wù)的價(jià)格，作為企業(yè)正常的勞務(wù)費(fèi)用進(jìn)行稅務(wù)處理，不得再采用分?jǐn)偣芾碣M(fèi)用的方式在稅前扣除，從而避免重復(fù)扣除的情況。

　　雖然《企業(yè)所得稅法》遵循的是法人稅制，但根據(jù)其第三條的規(guī)定，在中國境內(nèi)設(shè)立機(jī)構(gòu)、場所的非居民企業(yè)在中國只負(fù)有限的納稅義務(wù)，就其在中國境內(nèi)所設(shè)立的機(jī)構(gòu)、場所獲取的來源于中國境內(nèi)的所得和來源于境外但與所設(shè)機(jī)構(gòu)、場所有實(shí)際聯(lián)系的所得納稅。若不允許非居民企業(yè)在中國境內(nèi)所設(shè)機(jī)構(gòu)、場所，分?jǐn)偲湓谥袊惩饪倷C(jī)構(gòu)所發(fā)生的有關(guān)費(fèi)用，可能會出現(xiàn)這些機(jī)構(gòu)、場所的特定生產(chǎn)經(jīng)營活動費(fèi)用支出無法得以體現(xiàn)，也不符合收入與支出的配比原則，因此，新《企業(yè)所得稅法》沿襲了原《外商投資和外國企業(yè)所得稅法實(shí)施細(xì)則》的規(guī)定，允許非居民企業(yè)向其在中國境內(nèi)設(shè)立的機(jī)構(gòu)、場所分?jǐn)傆嘘P(guān)費(fèi)用。

　　對此，《企業(yè)所得稅法》第五十條作了特殊處理，規(guī)定非居民企業(yè)在中國境內(nèi)設(shè)立的機(jī)構(gòu)、場所，就其中國境外總機(jī)構(gòu)發(fā)生的與該機(jī)構(gòu)、場所生產(chǎn)經(jīng)營有關(guān)的費(fèi)用，能夠提供總機(jī)構(gòu)出具的費(fèi)用匯集范圍、定額、分配依據(jù)和方法等證明文件，并合理分?jǐn)偟?，?zhǔn)予扣除，但必須滿足三個條件。

　　關(guān)于總機(jī)構(gòu)收取分支機(jī)構(gòu)的管理費(fèi)是否繳納營業(yè)稅的問題，財(cái)政部、國家稅務(wù)總局并沒有明確的文件出臺，各地在執(zhí)行過程中有不同的規(guī)定。有的地方按照經(jīng)營性收費(fèi)征收營業(yè)稅，但也有的地方免征或不征營業(yè)稅，如安徽省、廣東省地稅部門曾規(guī)定，基于原企業(yè)所得稅法下，總機(jī)構(gòu)管理費(fèi)是為了解決經(jīng)費(fèi)不足問題，憑借資產(chǎn)和行政管理職能向下屬企業(yè)收取的，具有劃撥和統(tǒng)籌性質(zhì)，同時(shí)，稅務(wù)機(jī)關(guān)在總機(jī)構(gòu)申請收取管理費(fèi)時(shí)在數(shù)額和比例上都作了嚴(yán)格的限制，且同意在稅前扣除，沒有必要再征收營業(yè)稅，對符合條件的總機(jī)構(gòu)取得的管理費(fèi)收入免征或不征營業(yè)稅。