《專項審計指引》要求注冊會計師應當假定申報企業(yè)的高新技術(shù)研究開發(fā)費用支出與高新技術(shù)產(chǎn)品（服務）收入存在舞弊風險；應當考慮申報企業(yè)管理層有可能存在為了申請高新技術(shù)企業(yè)資格以享受稅收優(yōu)惠政策的動機，導致高新技術(shù)研究開發(fā)費用支出與高新技術(shù)產(chǎn)品（服務）收入存在重大錯報風險。

　　五、對與申報明細表相關(guān)的內(nèi)部控制制度的了解

　　《專項審計指引》勾畫了與申報明細表相關(guān)的內(nèi)部控制制度，強調(diào)了解這些內(nèi)部控制是識別、評估重大錯報風險以及設計和實施進一步審計程序的基礎。

　　與高新技術(shù)產(chǎn)品（服務）收入相關(guān)的內(nèi)部控制包含在企業(yè)產(chǎn)品或服務的銷售控制中，而如高新技術(shù)產(chǎn)品（服務）收入與研究開發(fā)激勵或與銷售獎勵相關(guān)聯(lián)時，企業(yè)一般會設計或增加相應的控制環(huán)節(jié)。注冊會計師審計時，需要了解申報企業(yè)能否確保銷售均已準確記錄并對高新技術(shù)產(chǎn)品（服務）進行恰當分類。

　　在財務報表審計中，一般不專門提及與高新技術(shù)研究開發(fā)費用支出相關(guān)的內(nèi)部控制?！秾ｍ棇徲嬛敢窂娬{(diào)研究開發(fā)費用控制通常屬于申報企業(yè)費用和成本控制的重要組成部分，要求注冊會計師在對研究開發(fā)費用控制進行了解時，需要考慮那些影響研究開發(fā)費用完整性、發(fā)生、準確性和分類的控制點。同時，《專項審計指引》給出了研究開發(fā)業(yè)務流程通?？赡馨ǖ闹饕顒樱缌㈨椇皖A算管理、人員管理、材料和設備管理以及結(jié)項管理等。

　　六、專項審計報告的審計

　　基于申請高新技術(shù)企業(yè)認定的目的，申報企業(yè)通常將最近三個會計年度研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表和最近一年高新技術(shù)產(chǎn)品（服務）收入明細表的專項審計同時委托給一家會計師事務所，《專項審計指引》要求，針對研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表和高新技術(shù)產(chǎn)品（服務）收入明細表分別出具專項審計報告。

　　由于研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表涉及三個會計年度，注冊會計師出具非標準專項審計報告時需要指明導致事項所對應的會計年度。