三、若乙公司獲取的是部分貨幣資金和部分房產，如例中所述，乙公司得到1200萬元現(xiàn)金及4000平方米商鋪，根據財稅字[1995]48號文件的規(guī)定，其分得的商鋪暫免征收土地增值稅，但其分得的現(xiàn)金應征收土地增值稅。在現(xiàn)行規(guī)定下，乙公司應進行如下處理：

（一）對于乙公司取得的現(xiàn)金部分，應按照配比原則，與取得土地使用權的成本配比計算土地增值稅。如乙公司獲取的房產公允價值為2000萬元，而該地塊土地使用權成本為1600萬元，在不考慮其他稅費的情況下，則允許扣除的土地使用權成本＝1600÷（2000＋1200）×1200＝600（萬元），增值額＝1200－600＝600（萬元），應納土地增值稅額＝600×40%－600×5%＝210（萬元）。

（二）對于分得的房產部分，處理方式為分房自用，暫不征收土地增值稅，待其對外銷售后再分別按轉讓土地使用權和銷售舊房繳納土地增值稅。

對于甲公司，應將分給乙公司的現(xiàn)金加上房產的公允價值作為取得土地使用權的成本計入扣除項目，同時將房產的公允價值作為銷售收入計算應繳納土地增值稅。

對于合作建房行為，應界定為非貨幣資產交換還是投資行為是進行土地增值稅清算處理的前提。若為非貨幣資產交換，則出地方按轉讓土地使用權給出資方處理；若為投資行為，則應將出資方支付的股權價值和貨幣資金之和在該項目的開發(fā)成本中扣除。出資方支付給出地方的現(xiàn)金視為投資對價差異，為土地使用權的公允價值大于雙方確定的股權價值的差額。界定基礎應看合作建房的協(xié)議，若出地方承擔項目開發(fā)的風險并享有開發(fā)利潤，應視為投資行為；若只是獲得固定面積的房產，不承擔風險收益的，則應界定為非貨幣資產交換。

從上述分析可以看出，對于合作建房進行商品房開發(fā)項目來說，土地增值稅清算涉及出地、出資雙方，計算過程復雜，容易產生稅企爭議，對出地方清算的后續(xù)管理存在困難，如出地方再轉讓分得房產時，很容易忽視對其轉讓土地使用權的清算，造成國家稅款流失。同時，很多房地產開發(fā)企業(yè)利用關聯(lián)方合作建房來逃避或延遲土地增值稅納稅義務，給該稅種的征管帶來困難。