合作建房，是開發(fā)商在土地實施“招、拍、掛”之前拿地的重要途徑之一。利用該方式開發(fā)的房地產(chǎn)項目，如今已基本符合國家稅務(wù)總局《關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問題的通知》（財稅[2006]187號）所規(guī)定的清算條件。由于《土地增值稅暫行條例》、《土地增值稅暫行條例實施細則》及相關(guān)配套文件不夠細化，在清算實務(wù)中對于合作建房的判定仍存在一定問題。本文舉例對合作建房相關(guān)土地增值稅清算問題進行分析。

甲房地產(chǎn)開發(fā)公司（以下簡稱“甲公司”）與乙經(jīng)濟開發(fā)公司（以下簡稱“乙公司”）簽訂合作建房協(xié)議，共同開發(fā)A房地產(chǎn)項目，甲公司負責(zé)投入資金及全部開發(fā)活動，乙公司將其所有的土地使用權(quán)投入該項目，建成后乙公司分得30%的房產(chǎn)（包括住宅及商鋪），甲公司分得其余房產(chǎn)。后經(jīng)協(xié)商，乙公司將分得房產(chǎn)的住宅部分以2000元/平方米出售給甲公司，共分得價款1200萬元，其余4000平方米商鋪自用，并開具轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)的發(fā)票給甲公司。

一、若乙公司只取得房屋自用，根據(jù)財政部、國家稅務(wù)總局《關(guān)于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》（財稅字[1995]48號）規(guī)定，對于一方出地，一方出資金，雙方合作建房，建成后按比例分房自用的，暫免征土地增值稅，建成后轉(zhuǎn)讓的，應(yīng)征收土地增值稅。因此，對乙公司暫免征收土地增值稅，以后該公司將分得的房產(chǎn)轉(zhuǎn)讓應(yīng)首先按轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)計算合作建房需繳納的土地增值稅，以分得房產(chǎn)當(dāng)時的公允價值作為轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)的收入，再對轉(zhuǎn)讓的房產(chǎn)按轉(zhuǎn)讓舊房及建筑物征收土地增值稅。其公允價值可按財稅[2006]187號文件第三條第（一）款的要求確認：

1、按本企業(yè)在同一地區(qū)、同一年度銷售的同類房地產(chǎn)的平均價格確定；

2、由主管稅務(wù)機關(guān)參照當(dāng)?shù)禺?dāng)年、同類房地產(chǎn)的市場價格或評估價值確定。對甲公司來說，相當(dāng)于用其建好的房產(chǎn)換取土地使用權(quán)，其應(yīng)將分給乙公司房產(chǎn)的公允價值計入開發(fā)成本，并將該部分公允價值計入銷售收入。

二、若乙公司將土地使用權(quán)作價投入甲公司，換取甲公司一定股份再由甲公司開發(fā)該項目，根據(jù)財稅[2006]21號文件的規(guī)定，自2006年3月2日起，對于以土地（房地產(chǎn)）作價投資入股進行投資或聯(lián)營的，凡所投資、聯(lián)營的企業(yè)從事房地產(chǎn)開發(fā)的，或者房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)以其建造的商品房進行投資和聯(lián)營的，均不適用財稅字[1995]48號文件第一條暫免征收土地增值稅的規(guī)定，應(yīng)按規(guī)定繳納土地增值稅。所以，應(yīng)將乙公司所獲取甲公司股份的協(xié)議價或評估價作為轉(zhuǎn)讓收入，按轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)計算其應(yīng)繳土地增值稅。對甲公司來說，應(yīng)將乙公司投入的土地協(xié)議價或評估價作為取得土地使用權(quán)的成本在清算土地增值稅時予以扣除。