舉例：某房地產(chǎn)開發(fā)公司開發(fā)商住混合樓項目，商業(yè)項目面積1000平方米，普通標準住宅面積為5000平方米，合計6000平方米。該混合樓項目土地成本為120萬元，房屋開發(fā)成本600萬元，其他費用按比例扣除。假如該商業(yè)項目收入為500萬元，普通標準住宅收入為500萬元，合計1000萬元。營業(yè)稅金及附加55萬元。

（1）商鋪和住宅合并一個單位計算土地增值稅：扣除項目＝土地成本＋房屋開發(fā)成本＋費用扣除10%＋加計扣除20%＋稅金＝120＋600＋（120＋600）×10%＋（120＋600）×20%＋55＝991（萬元）。

增值額＝收入－扣除項目＝（500＋500）－991＝9（萬元）。增值率＝增值額÷扣除項目×100%＝9÷991×100%＝0.9%.低于50%，適用30%的稅率。應(yīng)納的土地增值稅：9×30%＝2.7（萬元）。

（2）將普通住宅和商鋪分為兩個清算單位計算土地增值稅（按面積分攤成本費用）：普通標準住宅扣除項目為＝120×5000÷6000＋600×5000÷6000＋（100＋500）×30%＋27.5＝807.5（萬元）。增值額＝500－807.5＝－307.5（萬元），無增值額不納稅。

商業(yè)扣除項目＝120×1000÷6000＋600×1000÷6000＋（20＋100）×30%＋27.5＝183.5（萬元）；增值額＝500－183.5＝316.5（萬元）；增值率＝316.5÷183.5×100%＝172%，適用50%的稅率；商業(yè)項目應(yīng)納土地增值稅＝316.5×50%－183.5×15%＝130.725（萬元）。

計算結(jié)果可知，將商鋪和住宅合并計算土地增值稅為2.7萬元，分開計算則應(yīng)納稅130多萬元。在實踐中，對于同一個開發(fā)項目中有不同類型房地產(chǎn)的，有的稅務(wù)機關(guān)允許納稅人自行選擇是否分開核算分別清算繳納增值稅。但新文件第十七條規(guī)定，清算審核時，應(yīng)審核房地產(chǎn)開發(fā)項目是否以國家有關(guān)部門審批、備案的項目為單位進行清算；對于分期開發(fā)的項目，是否以分期項目為單位清算；對不同類型房地產(chǎn)是否分別計算增值額、增值率，繳納土地增值稅。

也就是說，納稅人不能將不同類型房地產(chǎn)、分期開發(fā)的項目和不同審批備案的項目合在一起清算，避免平均不同清算單位增值額的現(xiàn)象。

解決了扣除項目的五個模糊點

（1）計算扣除項目金額時，其實際發(fā)生的支出應(yīng)當取得但未取得合法憑據(jù)的不得扣除，且扣除項目金額中所歸集的各項成本和費用，必須是實際發(fā)生的。這一點與房地產(chǎn)企業(yè)所得稅中對有些成本費用可以預(yù)提扣除的規(guī)定不同。

（2）拆遷補償費不一定需要取得稅務(wù)發(fā)票，但強調(diào)是否實際發(fā)生，尤其是支付給個人的拆遷補償款、拆遷（回遷）合同和簽收花名冊或簽收憑證是否一一對應(yīng)。

（3）要求正確區(qū)分開發(fā)成本和開發(fā)費用。由于計算土地增值稅扣除項目時，開發(fā)成本可以加計20%扣除，所以，有的納稅人希望加大開發(fā)成本，可能將在期間費用中列支的開發(fā)費用也計入前期工程費、基礎(chǔ)設(shè)施費或開發(fā)間接費用，以擴大扣除金額，少計算增值額從而少納稅。因此，稅務(wù)機關(guān)不允許將開發(fā)費用計入開發(fā)成本中的前期工程費、基礎(chǔ)設(shè)施費和開發(fā)間接費用等。