對取得土地使用權(quán)時未支付地價款或不能提供已支付的地價款憑據(jù)的，不允許扣除取得土地使用權(quán)所支付的金額。
另外，納稅人轉(zhuǎn)讓舊房及建筑物時因計算納稅的需要而對房地產(chǎn)進行評估，其支付的評估費用允許在計算增值額時予以扣除。
關(guān)于新建房與舊房的界定問題，新建房是指建成后未使用的房產(chǎn)。凡是已使用一定時間或達到一定磨損程度的房產(chǎn)均屬舊房。使用時間和磨損程度標(biāo)準(zhǔn)可由各省、自治區(qū)、直轄市財政廳(局)和地方稅務(wù)局具體規(guī)定。
(二)提供扣除項目金額不實的，應(yīng)由評估機構(gòu)按照房屋重置成本價乘以成新度折扣率計算的房屋成本價和取得土地使用權(quán)時的基準(zhǔn)地價進行評估。稅務(wù)機關(guān)根據(jù)評估價格確定扣除項目金額。但對納稅人隱瞞、虛報房地產(chǎn)成交價格等情形而按房地產(chǎn)評估價格計算征收土地增值稅所發(fā)生的評估費用，不允許在計算土地增值稅時予以扣除。
(三)納稅火轉(zhuǎn)讓舊房的，如不能取得評估價格，計算土地增值稅時如何確定準(zhǔn)予扣除的項目?
《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅若干問題的通知》(財稅[2006]21號)規(guī)定：納稅人轉(zhuǎn)讓舊房及建筑物，凡不能取得評估價格，但能提供購房發(fā)票的，經(jīng)當(dāng)?shù)囟悇?wù)部門確認(rèn)，可以將《土地增值稅暫行條例》第六條第(一)項規(guī)定的取得土地使用權(quán)所支付的金額和第(三)項規(guī)定的舊房及建筑物的評估價格的金額，按發(fā)票所載金額并從購買年度起至轉(zhuǎn)讓年度止每年加計5％計算。
例如，以10萬元購買房屋，第8年時轉(zhuǎn)讓，轉(zhuǎn)讓時不能取得評估價格，不考慮其他的扣除項目，此時的扣除金額為10*(1+5％*8)=14(萬元)。對納稅人購房時繳納的契稅，凡能提供契稅完稅憑證的，準(zhǔn)予作為“與轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)的稅金”予以扣除，但不作為加計5％的基數(shù)。
(四)對于轉(zhuǎn)讓舊房及建筑物，既沒有評估價格，又不能提供購房發(fā)票的，地方稅務(wù)機關(guān)可以根據(jù)《稅收征管法》第三十五條的規(guī)定，實行核定征收。
關(guān)于土地增值稅的核定征收包括如下：對非房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)而言，本例中的農(nóng)村合作銀行雖非房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)，但鑒于其能取得房產(chǎn)原值的原始發(fā)票，所以可以按財稅[2006]21號的規(guī)定進行扣除項目的認(rèn)定，并據(jù)以計算土地增值稅；如果既沒有評估價格，又不能提供購房發(fā)票的，可按照稅務(wù)部門核定的征收率進行計算征收。
但本例中的稅務(wù)機關(guān)按預(yù)征率進行征收是不合適的，因為預(yù)征以后，還要清算。由于該行所轉(zhuǎn)讓的房地產(chǎn)是一次性行為，不存在預(yù)征問題，實行核定征收．實際上就是進行了清算。