企業(yè)所得稅法第二十七條第（三）項及其實施細則第八十八條規(guī)定，符合條件的沼氣綜合開發(fā)利用屬于環(huán)境保護、節(jié)能節(jié)水項目，可以享受“三免三減半”優(yōu)惠?！董h(huán)境保護、節(jié)能節(jié)水項目企業(yè)所得稅優(yōu)惠目錄（試行）》具體指定項目為“畜禽養(yǎng)殖場和養(yǎng)殖小區(qū)沼氣工程項目”，需符合的條件包括：1.單體裝置容積不小于300立方米，年平均日產(chǎn)沼氣量不低于300立方米/天，且符合國家有關(guān)沼氣工程技術(shù)規(guī)范的項目；2.廢水排放、廢渣處置、沼氣利用符合國家和地方有關(guān)標準，不產(chǎn)生二次污染；3.項目包括完整的發(fā)酵原料的預處理設施、沼渣和沼液的綜合利用或進一步處理系統(tǒng)，沼氣凈化、儲存、輸配和利用系統(tǒng)；4.項目設計、施工和運行管理人員具備國家相應職業(yè)資格；5.項目按照國家法律法規(guī)要求，通過相關(guān)驗收；6.國務院財政、稅務主管部門規(guī)定的其他條件。此項條款應重點關(guān)注的是：優(yōu)惠主體為畜禽養(yǎng)殖場和養(yǎng)殖小區(qū)，而不是沼氣廠。
 

　　企業(yè)所得稅法第三十三條及其實施細則第九十九條規(guī)定，企業(yè)以《資源綜合利用企業(yè)所得稅優(yōu)惠目錄》規(guī)定的資源作為主要原材料，生產(chǎn)國家非限制和禁止并符合國家和行業(yè)相關(guān)標準的產(chǎn)品取得的收入，減按90%計入收入總額。《資源綜合利用企業(yè)所得稅優(yōu)惠目錄》指明：農(nóng)作物秸稈及殼皮為原料，生產(chǎn)代木產(chǎn)品、電力、熱力、燃氣，產(chǎn)品原料70%以上來自農(nóng)作物秸稈及殼皮即符合規(guī)定。

　　優(yōu)惠競合

　　不同的優(yōu)惠條款前提條件不同，存在競合現(xiàn)象——能享受此條優(yōu)惠就不能享受彼條優(yōu)惠。

　　同時以秸稈和畜禽糞便為生產(chǎn)原料生產(chǎn)沼氣，就存在兩者比例的問題。具體比例如何，直接關(guān)系到能享受哪條優(yōu)惠。

　　如果畜禽糞便生產(chǎn)占生產(chǎn)原料比重80%以上，可以享受增值稅即征即退100%優(yōu)惠。但與此同時，其秸稈占生產(chǎn)原料比例必然達不到70%，不能享受企業(yè)所得稅減計收入優(yōu)惠。

　　如果秸稈占生產(chǎn)原料比例在70%以上，可以享受企業(yè)所得稅減計收入優(yōu)惠。但與此同時，其畜禽糞便占生產(chǎn)原料比重必然達不到80%，不能享受增值稅即征即退優(yōu)惠。

　　至于企業(yè)所得稅“三免三減半”優(yōu)惠，上文已強調(diào)，該項優(yōu)惠的主體是畜禽養(yǎng)殖場（或養(yǎng)殖小區(qū)）。如果畜禽養(yǎng)殖場（或養(yǎng)殖小區(qū)）屬于該廠，則該廠符合上述6條件時可享受此項優(yōu)惠；如果不屬于該廠，該廠僅是從畜禽養(yǎng)殖場（或養(yǎng)殖小區(qū)）購進畜禽糞便生產(chǎn)沼氣，則即使符合上述6條件，也不能享受此項優(yōu)惠。

　　企業(yè)應根據(jù)自己的實際情況，準確把握稅收政策，如實到稅務機關(guān)辦理優(yōu)惠備案，準確計算應納增值稅和企業(yè)所得稅。