稅收實踐中關于權責發(fā)生制原則的具體運用與會計準則中的權責發(fā)生制有所不同，它還受制于稅基確定性的原則要求。例如，按照會計準則中的權責發(fā)生制原則，屬于當期的費用，不論款項是否支付，均應作為當期費用，然而，在企業(yè)所得稅匯算清繳時，如果企業(yè)未取得與費用有關的合法、有效憑證，則通常不能扣除相應費用。而在收入確認方面，稅法中的權責發(fā)生制同樣有其獨特之處。
　　(二)分類與確認：關于計稅收入的基本規(guī)定
　　1、新法中將收入分為應稅收入、免稅收入、不征稅收入三類，其中不征稅收入是一個新的收入范疇。新法第七條規(guī)定的不征稅收入包括：財政撥款;依法收取并納入財政管理的行政事業(yè)性收費、政府性基金;國務院規(guī)定的其他不征稅收入。條例第二十六條明確規(guī)定，“政府性基金”是指企業(yè)依照法律、行政法規(guī)等有關規(guī)定，代政府收取的具有專項用途的財政資金;“國務院規(guī)定的其他不征稅收入”是指企業(yè)取得的，由國務院財政、稅務主管部門規(guī)定專項用途并經(jīng)國務院批準的財政性資金。這一規(guī)定顯然承襲了《財政部、國家稅務總局關于企業(yè)補貼收入征稅等問題的通知》(財稅[1995]81號)中的有關規(guī)定，企業(yè)取得的各種財政性資金能否不作應稅收入，必須符合規(guī)定條件并有國家明文列舉。在既往的部門規(guī)章中，明文規(guī)定的不征稅收入只限于較小的范圍之內(nèi)，新法實施后這些項目是否延續(xù)，是否有所調(diào)整，則是需要關注的實際問題。
　　不過，在收入與扣除及虧損彌補的關系上，新法及條例發(fā)生了重要變化?！秶叶悇湛偩株P于企業(yè)的免稅所得彌補虧損問題的通知》(國稅發(fā)[1999]34號)規(guī)定：“如果一個企業(yè)既有應稅項目，又有免稅項目，其應稅項目發(fā)生虧損時，按照稅收法規(guī)規(guī)定可以結轉(zhuǎn)以后年度彌補的虧損，應該是沖抵免稅項目所得后的余額。此外，雖然應稅項目有所得，但不足彌補以前年度虧損的，免稅項目的所得也應用于彌補以前年度虧損。”例如，A公司2008年度應稅收入為900萬元，相應扣除額為1 000萬元，同時從子公司分回利潤260萬元(即免稅收入)。如果按照國稅發(fā)[1999]34號文的規(guī)定，A公司應稅項目的虧損100萬元必須以免稅收入260萬元予以彌補，則結轉(zhuǎn)以后年度的虧損為0。而新法第五條規(guī)定：“企業(yè)每一納稅年度的收入總額，減除不征稅收入、免稅收入、各項扣除以及允許彌補的以前年度虧損后的余額，為應納稅所得額”。條例第十條規(guī)定：“企業(yè)所得稅法第五條所稱虧損，是指企業(yè)依照企業(yè)所得稅法和本條例的規(guī)定將每一納稅年度的收入總額減除不征稅收入、免稅收入和各項扣除后小于零的數(shù)額”。據(jù)此，A公司2008年度的應納稅所得額為：(收入總額1 160-免稅收入260)-扣除額1 000= -100(萬元)，即存在可結轉(zhuǎn)以后年度彌補的虧損100萬元。