近期，某市某制藥股份有限公司系高新技術(shù)企業(yè)，在2009年度匯算清繳中，其財務(wù)人員就如下問題提出咨詢，其企業(yè)以上年度可彌補虧損160萬元，2009年度經(jīng)調(diào)稅調(diào)整后匯算，應(yīng)納稅項目所得額為－430萬元，另外其企業(yè)當(dāng)年還發(fā)生能單獨準確核算的符合條件的藥品開發(fā)技術(shù)轉(zhuǎn)讓收入600萬元，技術(shù)轉(zhuǎn)讓成本和相關(guān)稅費60萬元，技術(shù)轉(zhuǎn)讓所得540萬元。為此，該公司按照《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)的免稅所得彌補虧損問題的通知》（國稅發(fā)[1999]34號）的規(guī)定，將免稅所得對企業(yè)當(dāng)年和以前年度虧損進行了彌補處理后，結(jié)轉(zhuǎn)以后年度可彌補虧損50萬元，稅務(wù)部門提出這種計算方法錯誤，應(yīng)稅項目與免稅項目應(yīng)各自計算納稅、補虧，不得互相調(diào)劑使用“資源共享”。

　　這里需要指出的是，關(guān)于應(yīng)稅項目與免稅項目的計算補虧問題，此前國稅發(fā)[1999]34號文件的處理方法為，如果一個企業(yè)既有應(yīng)稅項目，又有免稅項目，其應(yīng)稅項目發(fā)生虧損時，按照稅收法規(guī)規(guī)定可以結(jié)轉(zhuǎn)以后年度彌補的虧損，應(yīng)該是沖抵免稅項目所得后的余額。此外，雖然應(yīng)稅項目有所得，但不足彌補以前年度虧損的，免稅項目的所得也應(yīng)用于彌補以前年度虧損。

　　但新企業(yè)所得稅法施行中，上述政策中免稅所得可用于彌補應(yīng)稅項目虧損的規(guī)定已不再適用，因而該制藥企業(yè)的上述做法是不正確的。根據(jù)《企業(yè)所得稅法實施條例》第十條規(guī)定，企業(yè)所得稅法所稱虧損，是指企業(yè)將每一納稅年度的收入總額減除不征稅收入、免稅收入和各項扣除后小于零的數(shù)額。此條的規(guī)定，體現(xiàn)了國家對企業(yè)的稅收優(yōu)惠政策，也明確了企業(yè)免稅所得包括不征稅收入不再用于彌補虧損。

　　另外，關(guān)于稅收優(yōu)惠填報口徑，《國家稅務(wù)總局關(guān)于做好2009年度企業(yè)所得稅匯算清繳工作的通知》（國稅函[2010]148號）第二條第（六）款進一步作出明確規(guī)定，對企業(yè)取得的免稅收入、減計收入以及減征、免征所得額項目，不得彌補當(dāng)期及以前年度應(yīng)稅項目虧損；當(dāng)期形成虧損的減征、免征所得額項目，也不得用當(dāng)期和以后納稅年度應(yīng)稅項目所得抵補。也就是說應(yīng)稅項目與減免稅項目不得“互為調(diào)劑”，而應(yīng)各自納稅與補虧。

　　就本例而言，該公司2009年度的發(fā)生的應(yīng)稅項目虧損430萬元及上年度虧損160萬元，應(yīng)按稅法規(guī)定結(jié)轉(zhuǎn)以后年度彌補，而其技術(shù)轉(zhuǎn)讓所得，根據(jù)《實施條例》第九十條及《國家稅務(wù)總局關(guān)于技術(shù)轉(zhuǎn)讓所得減免企業(yè)所得稅有關(guān)問題的通知》（國稅函[2009]212號）規(guī)定，符合條件的技術(shù)轉(zhuǎn)讓所得免征、減征企業(yè)所得稅，是指一個納稅年度內(nèi)，居民企業(yè)技術(shù)轉(zhuǎn)讓所得不超過500萬元的部分，免征企業(yè)所得稅；超過500萬元的部分，減半征收企業(yè)所得稅。因而該制藥企業(yè)應(yīng)繳納企業(yè)所得稅5萬元（600－60－500）×25%×50%。