（1）缺乏自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)。對(duì)內(nèi)資企業(yè)來說，不重視知識(shí)產(chǎn)權(quán)的保護(hù)，或者不想公開自己的有關(guān)技術(shù)，大多數(shù)企業(yè)都沒有知識(shí)產(chǎn)權(quán)的戰(zhàn)略意識(shí)，這也間接影響了部分實(shí)質(zhì)上符合高新認(rèn)定要求的企業(yè)申請(qǐng)高新；對(duì)外資企業(yè)來說，因?yàn)槠淠腹径嘣诰惩?，雖然內(nèi)部可許可其中國公司使用相應(yīng)技術(shù)，但是很少會(huì)把其相應(yīng)的知識(shí)產(chǎn)權(quán)全球獨(dú)占給中國公司，這也給外企企業(yè)申請(qǐng)高新帶來了巨大的困難。
（2）研發(fā)項(xiàng)目缺乏科學(xué)的設(shè)計(jì)和安排。高新認(rèn)定申報(bào)的項(xiàng)目需要符合高新申報(bào)領(lǐng)域的要求，且因?yàn)樵u(píng)價(jià)指標(biāo)中對(duì)科技成果轉(zhuǎn)化有數(shù)量要求，因此要求企業(yè)對(duì)研發(fā)項(xiàng)目進(jìn)行科學(xué)的設(shè)計(jì)和安排，一方面滿足實(shí)質(zhì)的高新技術(shù)的要求，另一方面也要滿足數(shù)量的要求。
（3）研發(fā)費(fèi)用未按認(rèn)定辦法的要求歸集，且比例難以達(dá)到認(rèn)定要求。高新認(rèn)定辦法的研發(fā)費(fèi)用歸集與企業(yè)的財(cái)務(wù)處理不太一致，需要企業(yè)重新根據(jù)高新認(rèn)定的要求進(jìn)行歸集，歸集后有些企業(yè)的研發(fā)費(fèi)用比例就很難達(dá)到認(rèn)定的要求。
（4）高新產(chǎn)品或服務(wù)收入比例較低。有些大規(guī)模的集團(tuán)企業(yè)，其銷售的產(chǎn)品或服務(wù)種類眾多，但是并不是所有的產(chǎn)品或服務(wù)都能歸屬到高新技術(shù)的領(lǐng)域里去，所以會(huì)導(dǎo)致有些企業(yè)總收入較高，但是高新產(chǎn)品或服務(wù)的收入較低，達(dá)不到認(rèn)定所需要的比例要求。
（5）缺乏嚴(yán)格規(guī)范的研發(fā)體系和相應(yīng)的組織管理安排?，F(xiàn)代化的企業(yè)管理制度要求企業(yè)內(nèi)部職能完備，分工明確，并有完善的制度管理，認(rèn)定辦法中對(duì)研發(fā)組織管理水平也有相應(yīng)的指標(biāo)要求，對(duì)于一些管理較為不規(guī)范的企業(yè)來說，需要在申報(bào)之前進(jìn)行調(diào)整。
（6）評(píng)審的機(jī)制和程序越來越嚴(yán)苛。受08年金融危機(jī)的影響，稅收額度沒有達(dá)到既定的目標(biāo)，這就促使高新認(rèn)定的初審和復(fù)審都趨向嚴(yán)格并且科技部抽查的力度也在加大。

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