審計機關(guān)應(yīng)認真審定專項審計調(diào)查報告，按時上報。審計調(diào)查組向?qū)徲嫏C關(guān)提交專項審計調(diào)查報告之前，應(yīng)將報告征求被調(diào)查單位的意見，就報告中所列的問題和情況作進一步核實。審計機關(guān)要對審計調(diào)查組提交的專項審計調(diào)查報告進行認真審議，審定后上報。對本級人民政府交辦的或?qū)徲嫏C關(guān)自行安排的專項調(diào)查項目，應(yīng)將調(diào)查結(jié)果報本級人民政府和上一級審計機關(guān)；對上級審計機關(guān)統(tǒng)一組織或者授權(quán)的專項審計調(diào)查項目，審計機關(guān)只將調(diào)查結(jié)果報告報上一級審計機關(guān)即可。

     對專項審計調(diào)查中發(fā)現(xiàn)的違反國家財經(jīng)法規(guī)行為，審計機關(guān)應(yīng)依法作出相應(yīng)的處理處罰。由于專項審計調(diào)查取得證明材料的方法主要是審計方法，在調(diào)查過程中，可能會發(fā)現(xiàn)被調(diào)查單位違反國家財經(jīng)法規(guī)行為，對此，審計調(diào)查組應(yīng)及時報告審計機關(guān)，審計機關(guān)應(yīng)依法作出相應(yīng)的處理處罰。對于屬于本機關(guān)法定職權(quán)范圍的，可直接進行處理處罰，但處理處罰要按照項目審計法定的審計程序進行，程序必須到位和合法。對不屬本機關(guān)法定職權(quán)范圍的，應(yīng)向相關(guān)部門和單位進行移送，并取得移送的證明文書……

      專項審計調(diào)查事項應(yīng)認真建立完整的檔案，加強檔案管理。專項審計調(diào)查是審計機關(guān)的基本監(jiān)督形式之一，要求將專項審計調(diào)查事項的全部相關(guān)材料建立檔案進行管理。目前，有關(guān)項目審計的檔案管理已建立了較完善的制度，專項審計調(diào)查事項的檔案管理可參照執(zhí)行。