由于“特殊性稅務(wù)處理”與“一般性稅務(wù)處理”的計稅基礎(chǔ)不同，“特殊性稅務(wù)處理”反而會在一些情況下造成重復(fù)納稅，應(yīng)引起重組雙方足夠的重視。

　　案例“說話”

　　例如，甲公司持有A公司100%股權(quán)，該項投資的計稅基礎(chǔ)是1000萬元，公允價值1億元。2010年6月，甲公司與乙公司達成股權(quán)收購協(xié)議，乙公司收購A公司80%的股權(quán)，同時增發(fā)4000萬股股份支付給甲公司，價值8000萬元。以上交易符合59號文件規(guī)定的其他“特殊性稅務(wù)處理”條件。2011年9月，甲公司將乙公司4000萬股份轉(zhuǎn)讓給丙公司，轉(zhuǎn)讓價格9800萬元。2011年10月，乙公司將A公司80%的股權(quán)轉(zhuǎn)讓給丁公司，轉(zhuǎn)讓價格8800萬元。

　　如果在2010年度的股權(quán)收購環(huán)節(jié)，甲、乙雙方選擇采用“特殊性稅務(wù)處理”，其應(yīng)分別繳納的稅款計算如下：

　　在2010年度的股權(quán)收購環(huán)節(jié)，甲公司暫不確認(rèn)股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得，乙公司取得的A公司80%股權(quán)的計稅基礎(chǔ)是800萬元（1000×80%），甲公司取得的乙公司4000萬股份的計稅基礎(chǔ)，是轉(zhuǎn)讓的A公司80%股權(quán)的計稅基礎(chǔ)，即800萬元。2011年度，因股權(quán)轉(zhuǎn)讓，甲公司應(yīng)繳納企業(yè)所得稅[（9800-800）×25%]=2250萬元，乙公司應(yīng)繳納企業(yè)所得稅[（8800-800）×25%]=2000萬元，甲、乙公司共繳納稅款4250萬元。

　　但是，如果2010年雙方不選擇“特殊性稅務(wù)處理”，而是采用“一般性稅務(wù)處理”，上述交易中，甲、乙雙方應(yīng)繳納的稅款金額則按如下過程計算：

　　2010年度的股權(quán)收購環(huán)節(jié)，甲公司應(yīng)繳納企業(yè)所得稅[（8000-800）×25%]=1800萬元.甲公司取得乙公司的4000萬股份的計稅基礎(chǔ)是8000萬元，乙公司取得A公司80%股權(quán)的計稅基礎(chǔ)是8000萬元。2011年度，甲、乙公司因股權(quán)轉(zhuǎn)讓，甲公司應(yīng)繳納企業(yè)所得稅[（9800-8000）×25%]=450萬元；乙公司應(yīng)繳納企業(yè)所得稅[（8800-8000）×25%]=200萬元，甲、乙公司共繳納稅款650萬元。

　　從整個交易看，甲公司在兩種方式下稅負(fù)相同，選擇“特殊性稅務(wù)處理”時需繳納企業(yè)所得稅為2250萬元，選擇“一般性稅務(wù)處理”時先后分兩次納稅，總計也是2250萬元（1800+450），但選擇“特殊性稅務(wù)處理”比選用“一般性稅務(wù)處理”可遞延納稅；乙公司選用“特殊性稅務(wù)處理”比選用“一般性稅務(wù)處理”多納稅1800萬元。之所以出現(xiàn)這種情況，是因為在“特殊性稅務(wù)處理”方式下，股權(quán)收購方獲取的股權(quán)，其計稅基礎(chǔ)是股權(quán)轉(zhuǎn)讓方的原計稅基礎(chǔ)，其公允價值與計稅基礎(chǔ)的差額，在股權(quán)重組雙方再次轉(zhuǎn)讓股權(quán)時需分別納稅；而如果選用“一般性稅務(wù)處理”，在股權(quán)轉(zhuǎn)讓方按被轉(zhuǎn)讓股權(quán)的公允價值納稅后，因計稅基礎(chǔ)的連續(xù)性，股權(quán)收購方取得股權(quán)的計稅基礎(chǔ)是公允價值?；诖耍谫Y產(chǎn)收購、企業(yè)合并、企業(yè)分立的重組交易中，如果重組各方選擇“特殊性稅務(wù)處理”方式，也會出現(xiàn)上述重復(fù)納稅的稅務(wù)處理結(jié)果。

　　審慎處理

　　在原企業(yè)所得稅法體系下，《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)股權(quán)投資業(yè)務(wù)若干所得稅問題的通知》（國稅發(fā)[2000]第118號）第四條第（二）款規(guī)定，如果企業(yè)整體資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓交易的接受企業(yè)支付的交換額中，除接受企業(yè)股權(quán)以外的現(xiàn)金、有價證券、其他資產(chǎn)不高于所支付的股權(quán)的票面價值（或股本的賬面價值）20%的，經(jīng)稅務(wù)機關(guān)審核確認(rèn)，轉(zhuǎn)讓企業(yè)可暫不計算確認(rèn)資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得或損失。轉(zhuǎn)讓企業(yè)取得接受企業(yè)的股權(quán)的成本，應(yīng)以其原持有的資產(chǎn)的賬面凈值為基礎(chǔ)確定，不得以經(jīng)評估確認(rèn)的價值為基礎(chǔ)確定。接受企業(yè)接受轉(zhuǎn)讓企業(yè)的資產(chǎn)的成本，須以其在轉(zhuǎn)讓企業(yè)原賬面凈值為基礎(chǔ)結(jié)轉(zhuǎn)確定，不得按經(jīng)評估確認(rèn)的價值調(diào)整。該文件的規(guī)定與59號文件的宗旨是一致的，也會造成整體資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓的重組雙方重復(fù)納稅。

　　但是，《國家稅務(wù)總局關(guān)于執(zhí)行〈企業(yè)會計制度〉需要明確的有關(guān)所得稅問題的通知》（國稅發(fā)[2003]45號）改變了整體資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓重組雙方重復(fù)納稅的稅務(wù)處理方式，其第六條第二款規(guī)定，符合118號文件第四條第（二）款規(guī)定，轉(zhuǎn)讓企業(yè)暫不確認(rèn)資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得或損失的整體資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓改組，接受企業(yè)取得的轉(zhuǎn)讓企業(yè)的資產(chǎn)的成本，可以按評估確認(rèn)價值確定，不需要進行納稅調(diào)整。該文件結(jié)束了整體資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓重組雙方重復(fù)納稅的稅務(wù)處理方式。但對于整體資產(chǎn)置換、合并、分立沒有此類規(guī)定。

　　59號文件出臺后，一些企業(yè)為減少當(dāng)期稅金支出，使并購重組能順利進行，也會選擇“特殊性稅務(wù)處理”，還有些企業(yè)重組后會長期持有收購股權(quán)，這也使“特殊性稅務(wù)處理”造成的稅負(fù)攤薄。不同的企業(yè)，在具體處理時的選擇因此會有所差別。

　　總體來講，59號文件的“特殊性稅務(wù)處理”，對降低企業(yè)重組時稅務(wù)負(fù)擔(dān)，促進合理的產(chǎn)業(yè)整合起到積極作用，但也存在使重組雙方重復(fù)納稅的可能。因此，進行企業(yè)重組的各方應(yīng)結(jié)合重組目的、未來對重組資產(chǎn)的經(jīng)營及持有方式、遞延納稅的時間價值、重復(fù)納稅等因素的綜合影響，審慎選擇企業(yè)重組的稅務(wù)處理方式。