通過納稅調(diào)整將不征稅收入及其形成的支出從應(yīng)納稅所得額中分離出來，再將免稅收入、減計(jì)收入以及減征、免征所得額項(xiàng)目從收入總額中剔除，在此基礎(chǔ)上，將應(yīng)稅收入與成本、費(fèi)用、稅金、損失和其他支出按照稅法口徑匹配，計(jì)算應(yīng)納稅所得額，進(jìn)而計(jì)算應(yīng)納稅額或結(jié)轉(zhuǎn)虧損的數(shù)額。不征稅收入和免稅收入、減計(jì)收入以及減征、免征所得額項(xiàng)目與企業(yè)虧損無關(guān)。

    無論免稅項(xiàng)目所得還是不征稅項(xiàng)目所得，都不可以彌補(bǔ)以前年度虧損。應(yīng)稅項(xiàng)目與免稅項(xiàng)目（包括不征稅項(xiàng)目）不能互相調(diào)劑補(bǔ)虧。

既然不征稅收入與企業(yè)虧損無關(guān)，因此，假使存在虧損，不征稅收入仍然不能用于彌補(bǔ)虧損。

    不征稅收入改變用途，其對應(yīng)支出不能稅前扣除

    財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于進(jìn)一步鼓勵軟件產(chǎn)業(yè)和集成電路產(chǎn)業(yè)發(fā)展企業(yè)所得稅政策的通知（財(cái)稅﹝2012﹞27號）規(guī)定，符合條件的軟件企業(yè)按照《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于軟件產(chǎn)品增值稅政策的通知》（財(cái)稅﹝2011﹞100號）規(guī)定取得的即征即退增值稅款，由企業(yè)專項(xiàng)用于軟件產(chǎn)品研發(fā)和擴(kuò)大再生產(chǎn)并單獨(dú)進(jìn)行核算，可以作為不征稅收入，在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時(shí)從收入總額中減除。《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于核電行業(yè)稅收政策有關(guān)問題的通知》（財(cái)稅﹝2008﹞38號）規(guī)定，自2008年1月1日起，核力發(fā)電企業(yè)取得的增值稅退稅款，專項(xiàng)用于還本付息，不征收企業(yè)所得稅。

    財(cái)稅﹝2012﹞27號對軟件企業(yè)取得的即征即退增值稅款作為不征稅收入，只能用于軟件產(chǎn)品開發(fā)和擴(kuò)大再生產(chǎn)，并且單獨(dú)核算，否則，軟件企業(yè)取得的退稅款，須并入應(yīng)納稅所得額，計(jì)算繳納企業(yè)所得稅，對應(yīng)的支出不能在企業(yè)所得稅前扣除。

    財(cái)稅﹝2008﹞38號文件對核電行業(yè)收到的增值稅退稅款作為不征稅收入，只能用于還本付息，并且單獨(dú)核算，否則，核電行業(yè)收到的增值稅退稅款，須并入應(yīng)納稅所得額，計(jì)算繳納企業(yè)所得稅，對應(yīng)的支出不能在企業(yè)所得稅前扣除。

    值得注意的是，稅法明文規(guī)定的不征稅收入在特殊情況下可轉(zhuǎn)化成應(yīng)稅收入，其對應(yīng)的支出可以在稅前扣除。

    形成的研發(fā)支出和無形資產(chǎn)攤銷不允許稅前扣除

    國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)《企業(yè)研究開發(fā)費(fèi)用稅前扣除管理辦法（試行）》的通知（國稅發(fā)﹝2008﹞116號）第七條規(guī)定，研發(fā)費(fèi)用計(jì)入當(dāng)期損益未形成無形資產(chǎn)的，允許再按其當(dāng)年研發(fā)費(fèi)用實(shí)際發(fā)生額的50%，直接抵扣當(dāng)年的應(yīng)納稅所得額；研發(fā)費(fèi)用形成無形資產(chǎn)的，按照該無形資產(chǎn)成本的150%在稅前攤銷。除法律另有規(guī)定外，攤銷年限不得低于10年。

    從該通知附件“研發(fā)項(xiàng)目可加計(jì)扣除研究開發(fā)費(fèi)用情況歸集表”中看，國家稅務(wù)總局規(guī)定將企業(yè)收到的專項(xiàng)撥款單獨(dú)列示，是充分考慮到企業(yè)收到資金進(jìn)入資金池后，無法區(qū)分此類資金形成的支出哪些是征稅收入形成的，哪些不是征稅收入形成的，但為了計(jì)算和填表簡化，將收到的撥款視同形成了等額的支出，在計(jì)算加計(jì)扣除時(shí)從中扣減。

    《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于中關(guān)村、東湖、張江國家自主創(chuàng)新試點(diǎn)地區(qū)和合蕪蚌自主創(chuàng)新綜合試驗(yàn)區(qū)有關(guān)研究開發(fā)費(fèi)加計(jì)扣除試點(diǎn)政策的通知》（財(cái)稅﹝2013﹞13號）附件“研發(fā)項(xiàng)目可加計(jì)扣除研究開發(fā)費(fèi)用情況歸集表”中，仍然繼承了《企業(yè)所得稅法》及其實(shí)施條例和國稅發(fā)﹝2008﹞116號文不征稅收入形成的支出不能稅前扣除的精髓。

    另外，企業(yè)取得的財(cái)政撥款等不征稅收入形成的研究開發(fā)支出，是國家支持企業(yè)創(chuàng)新給予的財(cái)力物力支持，是與企業(yè)正常生產(chǎn)經(jīng)營活動無關(guān)的支出，不能在企業(yè)所得稅前扣除，更不能加計(jì)扣除。