計算結(jié)果可知，將商鋪和住宅合并計算土地增值稅為2.7萬元，分開計算則應(yīng)納稅130多萬元。在實踐中，對于同一個開發(fā)項目中有不同類型房地產(chǎn)的，有 的稅務(wù)機關(guān)允許納稅人自行選擇是否分開核算分別清算繳納增值稅。但新文件第十七條規(guī)定，清算審核時，應(yīng)審核房地產(chǎn)開發(fā)項目是否以國家有關(guān)部門審批、備案的 項目為單位進行清算；對于分期開發(fā)的項目，是否以分期項目為單位清算；對不同類型房地產(chǎn)是否分別計算增值額、增值率，繳納土地增值稅。
　　也就是說，納稅人不能將不同類型房地產(chǎn)、分期開發(fā)的項目和不同審批備案的項目合在一起清算，避免平均不同清算單位增值額的現(xiàn)象。
　　解決了扣除項目的五個模糊點
　?。?）計算扣除項目金額時，其實際發(fā)生的支出應(yīng)當(dāng)取得但未取得合法憑據(jù)的不得扣除，且扣除項目金額中所歸集的各項成本和費用，必須是實際發(fā)生的。這一點與房地產(chǎn)企業(yè)所得稅中對有些成本費用可以預(yù)提扣除的規(guī)定不同。
　?。?）拆遷補償費不一定需要取得稅務(wù)發(fā)票，但強調(diào)是否實際發(fā)生，尤其是支付給個人的拆遷補償款、拆遷（回遷）合同和簽收花名冊或簽收憑證是否一一對應(yīng)。
　　（3）要求正確區(qū)分開發(fā)成本和開發(fā)費用。由于計算土地增值稅扣除項目時，開發(fā)成本可以加計20%扣除，所以，有的納稅人希望加大開發(fā)成本，可能將在期 間費用中列支的開發(fā)費用也計入前期工程費、基礎(chǔ)設(shè)施費或開發(fā)間接費用，以擴大扣除金額，少計算增值額從而少納稅。因此，稅務(wù)機關(guān)不允許將開發(fā)費用計入開發(fā) 成本中的前期工程費、基礎(chǔ)設(shè)施費和開發(fā)間接費用等。
　　（4）采取以建筑發(fā)票控制建筑安裝成本。根據(jù)營業(yè)稅法規(guī)定建筑業(yè)勞務(wù)在施工地納稅原則，要求開發(fā)企業(yè)取得的建筑安裝發(fā)票在項目所在地稅務(wù)機關(guān)開具，便 于控制虛假的支出。同時審核建筑安裝工程費發(fā)生的費用是否與決算報告、審計報告、工程結(jié)算報告、工程施工合同記載的內(nèi)容相符；開發(fā)企業(yè)采用自營方式自行施 工建設(shè)的，關(guān)注有無虛列、多列施工人工費、材料費、機械使用費等情況。
　?。?）將利息支出從房地產(chǎn)開發(fā)成本中調(diào)整至開發(fā)費用。按照會計制度規(guī)定和企業(yè)所得稅法規(guī)定，企業(yè)借款利息支出，在開發(fā)產(chǎn)品完工之前，應(yīng)該實行資本化處理計入開發(fā)產(chǎn)品成本。但土地增值稅法規(guī)定，利息費用要單獨計算，不計入開發(fā)成本，更不得計入加計扣除基數(shù)。