計(jì)算結(jié)果可知，將商鋪和住宅合并計(jì)算土地增值稅為2.7萬元，分開計(jì)算則應(yīng)納稅130多萬元。在實(shí)踐中，對(duì)于同一個(gè)開發(fā)項(xiàng)目中有不同類型房地產(chǎn)的，有 的稅務(wù)機(jī)關(guān)允許納稅人自行選擇是否分開核算分別清算繳納增值稅。但新文件第十七條規(guī)定，清算審核時(shí)，應(yīng)審核房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目是否以國家有關(guān)部門審批、備案的 項(xiàng)目為單位進(jìn)行清算；對(duì)于分期開發(fā)的項(xiàng)目，是否以分期項(xiàng)目為單位清算；對(duì)不同類型房地產(chǎn)是否分別計(jì)算增值額、增值率，繳納土地增值稅。
　　也就是說，納稅人不能將不同類型房地產(chǎn)、分期開發(fā)的項(xiàng)目和不同審批備案的項(xiàng)目合在一起清算，避免平均不同清算單位增值額的現(xiàn)象。
　　解決了扣除項(xiàng)目的五個(gè)模糊點(diǎn)
　?。?）計(jì)算扣除項(xiàng)目金額時(shí)，其實(shí)際發(fā)生的支出應(yīng)當(dāng)取得但未取得合法憑據(jù)的不得扣除，且扣除項(xiàng)目金額中所歸集的各項(xiàng)成本和費(fèi)用，必須是實(shí)際發(fā)生的。這一點(diǎn)與房地產(chǎn)企業(yè)所得稅中對(duì)有些成本費(fèi)用可以預(yù)提扣除的規(guī)定不同。
　?。?）拆遷補(bǔ)償費(fèi)不一定需要取得稅務(wù)發(fā)票，但強(qiáng)調(diào)是否實(shí)際發(fā)生，尤其是支付給個(gè)人的拆遷補(bǔ)償款、拆遷（回遷）合同和簽收花名冊(cè)或簽收憑證是否一一對(duì)應(yīng)。
　　（3）要求正確區(qū)分開發(fā)成本和開發(fā)費(fèi)用。由于計(jì)算土地增值稅扣除項(xiàng)目時(shí)，開發(fā)成本可以加計(jì)20%扣除，所以，有的納稅人希望加大開發(fā)成本，可能將在期 間費(fèi)用中列支的開發(fā)費(fèi)用也計(jì)入前期工程費(fèi)、基礎(chǔ)設(shè)施費(fèi)或開發(fā)間接費(fèi)用，以擴(kuò)大扣除金額，少計(jì)算增值額從而少納稅。因此，稅務(wù)機(jī)關(guān)不允許將開發(fā)費(fèi)用計(jì)入開發(fā) 成本中的前期工程費(fèi)、基礎(chǔ)設(shè)施費(fèi)和開發(fā)間接費(fèi)用等。
　?。?）采取以建筑發(fā)票控制建筑安裝成本。根據(jù)營業(yè)稅法規(guī)定建筑業(yè)勞務(wù)在施工地納稅原則，要求開發(fā)企業(yè)取得的建筑安裝發(fā)票在項(xiàng)目所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)開具，便 于控制虛假的支出。同時(shí)審核建筑安裝工程費(fèi)發(fā)生的費(fèi)用是否與決算報(bào)告、審計(jì)報(bào)告、工程結(jié)算報(bào)告、工程施工合同記載的內(nèi)容相符；開發(fā)企業(yè)采用自營方式自行施 工建設(shè)的，關(guān)注有無虛列、多列施工人工費(fèi)、材料費(fèi)、機(jī)械使用費(fèi)等情況。
　?。?）將利息支出從房地產(chǎn)開發(fā)成本中調(diào)整至開發(fā)費(fèi)用。按照會(huì)計(jì)制度規(guī)定和企業(yè)所得稅法規(guī)定，企業(yè)借款利息支出，在開發(fā)產(chǎn)品完工之前，應(yīng)該實(shí)行資本化處理計(jì)入開發(fā)產(chǎn)品成本。但土地增值稅法規(guī)定，利息費(fèi)用要單獨(dú)計(jì)算，不計(jì)入開發(fā)成本，更不得計(jì)入加計(jì)扣除基數(shù)。