要搞清楚子公司與分公司的關(guān)系，首先要搞清楚母子公司的關(guān)系和總分公司的關(guān)系。

一、母子公司的主要關(guān)系

子公司是具有獨(dú)立法人資格的企業(yè)，承擔(dān)獨(dú)立的法律責(zé)任，在對外法律關(guān)系上屬于相互獨(dú)立的。母子公司之間存在的只是控制與被控制、參與與被參與的股份經(jīng)濟(jì)利益關(guān)系，有可能是全額控股關(guān)系，也可能是母公司占據(jù)子公司一定比例的股份關(guān)系。對于符合條件的母子公司之間（主要看是否有控制關(guān)系），母公司可以合并報(bào)表，對外公布合并后的經(jīng)營業(yè)績，用于反映母公司的整體經(jīng)營狀態(tài)。對于上市公司來說，這種反映成果可以直接影響公司的股票市價(jià)。當(dāng)然，我國的股市有特殊的地方，可以與市值相脫節(jié)，各干各的事。由此可見，母子公司之間在財(cái)務(wù)上是完全實(shí)行獨(dú)立核算的，企業(yè)所得稅屬于相互獨(dú)立的所得稅納稅人，分別申報(bào)納稅。在所得稅上容易引起稅務(wù)機(jī)關(guān)關(guān)注的是相互之間的關(guān)聯(lián)交易關(guān)系，要求視同獨(dú)立納稅人之間的交易作為定價(jià)等原則，不得利用稅收差異，從事計(jì)稅所得的轉(zhuǎn)移，達(dá)到少繳稅收的目的。

因此，子公司在企業(yè)所得稅上是屬于獨(dú)立的納稅人。

二、總分公司的主要關(guān)系

總公司的法人企業(yè)，可以下設(shè)多個(gè)分公司。分公司是從屬于總公司而存在的。也就是說，沒有總公司就沒有分公司。但母子公司雖然在字眼上看更象生養(yǎng)關(guān)系，但實(shí)際上反而不是。子公司可以沒有母公司而獨(dú)立存在，只是失去了母子的經(jīng)濟(jì)關(guān)聯(lián)關(guān)系（我看，倒是更像聯(lián)姻關(guān)系）。

在正常情況下，分公司的所得稅是由總公司統(tǒng)一核算、就地預(yù)繳、匯總清算繳納的。具體來說，總公司對匯總后計(jì)算的所得稅在總分公司之間按照五五比例進(jìn)行分?jǐn)傤A(yù)繳。分公司之間對50％部分在各分公司之間按照確定的分配方式進(jìn)行分?jǐn)?，并各自就地預(yù)繳。

各分公司所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)原則上不首先接受分公司進(jìn)行所得稅獨(dú)立申報(bào)，而是要求按照總公司所得稅分配表進(jìn)行就地預(yù)繳。但只有分公司不能提供總公司所得稅分配表、也無法提供“稅總2012年57號(hào)公告”第二十三條規(guī)定的相關(guān)證據(jù)證明其二級(jí)及以下分支機(jī)構(gòu)身份的情況下，則按照獨(dú)立所得稅納稅人進(jìn)行管理。

因此，分公司在企業(yè)所得稅上原則上實(shí)行就地按照總公司所得稅分配表就地預(yù)繳，由總公司再匯總清算繳納。

結(jié)論：子公司與分公司在企業(yè)所得稅上的主要區(qū)別是：子公司屬于獨(dú)立納稅人，就地進(jìn)行申報(bào)繳納所得稅；分公司在所得稅上不屬于獨(dú)立納稅人，原則上根據(jù)總公司的所得稅分配進(jìn)行就地預(yù)繳，特殊情況下才參照獨(dú)立納稅人就地申報(bào)繳納。