納稅人將已經(jīng)填開的增值稅專用發(fā)票丟失，應(yīng)主要依據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于修訂〈增值稅專用發(fā)票使用規(guī)定〉的通知》(國稅發(fā)[2006]156號)第二十八條和第二十九條的規(guī)定處理。 

納稅人丟失增值稅專用發(fā)票各聯(lián)次，具體處理分為已認證和未認證兩種情形。 

1、發(fā)票開出未認證情形處理： 

(1)一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應(yīng)專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件到主管稅務(wù)機關(guān)進行認證，認證相符的憑該專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件及銷售方所在地主管稅務(wù)機關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務(wù)機關(guān)審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。 

(2)一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)，可將專用發(fā)票抵扣聯(lián)作為記賬憑證，專用發(fā)票抵扣聯(lián)復(fù)印件留存?zhèn)洳椤?nbsp;

(3)專用發(fā)票抵扣聯(lián)無法認證的，可使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)到主管稅務(wù)機關(guān)認證。專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復(fù)印件留存?zhèn)洳椤?nbsp;

(4)納稅人丟失記賬聯(lián)的，如果發(fā)票開出后尚未寄出，開票單位可以將發(fā)票聯(lián)復(fù)印，作為記賬憑證;若已寄出，可使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復(fù)印件，與從金稅卡中重新打印一次的記賬聯(lián)，作為記賬憑證。到主管稅務(wù)機關(guān)認證作為記賬憑證。 

(5)納稅人丟失專用發(fā)票全部聯(lián)次處理：納稅人在認證前丟失增值稅專用發(fā)票全部聯(lián)次，按丟失空白專用發(fā)票處理。 

2、發(fā)票開出已認證情形處理： 

(1)一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應(yīng)專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件及銷售方所在地主管稅務(wù)機關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務(wù)機關(guān)審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。 

(2)一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的抵扣聯(lián)，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復(fù)印件留存?zhèn)洳椤?nbsp;

(3)一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)，可將專用發(fā)票抵扣聯(lián)作為記賬憑證，專用發(fā)票抵扣聯(lián)復(fù)印件留存?zhèn)洳椤?nbsp;

(4)一般納稅人丟失記賬聯(lián)的處理：如果發(fā)票開出后尚未寄出，開票單位可以將發(fā)票聯(lián)復(fù)印，作為記賬憑證;若已寄出，可使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復(fù)印件，與從金稅卡中重新打印一次的記賬聯(lián)，作為記賬憑證。到主管稅務(wù)機關(guān)認證作為記賬憑證。