二級分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)自行對其主管二級分支機構(gòu)實施稅務(wù)檢查，可對查實項目按照《企業(yè)所得稅法》的規(guī)定自行計算查增的應(yīng)納稅所得額和應(yīng)納稅額。 　　

計算查增的應(yīng)納稅所得額時，應(yīng)減除允許彌補的匯總納稅企業(yè)以前年度虧損；對于需由總機構(gòu)統(tǒng)一計算的稅前扣除項目，不得由分支機構(gòu)自行計算調(diào)整。 　　

二級分支機構(gòu)應(yīng)將查補所得稅款的50%分攤給總機構(gòu)繳納，其中25%就地辦理繳庫，25%就地全額繳入中央國庫；50%分攤給該二級分支機構(gòu)就地辦理繳庫。具體的稅款繳庫程序按照財預(yù)[2012]40號文件第五條等相關(guān)規(guī)定執(zhí)行。 　　

匯總納稅企業(yè)繳納查補所得稅款時，總機構(gòu)應(yīng)向其所在地主管稅務(wù)機關(guān)報送經(jīng)二級分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)受理的匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表和二級分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)出具的稅務(wù)檢查結(jié)論，二級分支機構(gòu)也應(yīng)向其所在地主管稅務(wù)機關(guān)報送匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表和稅務(wù)檢查結(jié)論。 　　

第二十九條 稅務(wù)機關(guān)應(yīng)將匯總納稅企業(yè)總機構(gòu)、分支機構(gòu)的稅務(wù)登記信息、備案信息、總機構(gòu)出具的分支機構(gòu)有效證明情況及分支機構(gòu)審核鑒定情況、企業(yè)所得稅月（季）度預(yù)繳納稅申報表和年度納稅申報表、匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表、財務(wù)報表（或年度財務(wù)狀況和營業(yè)收支情況）、企業(yè)所得稅款入庫情況、資產(chǎn)損失情況、稅收優(yōu)惠情況、各分支機構(gòu)參與企業(yè)年度納稅調(diào)整情況的說明、稅務(wù)檢查及查補稅款分攤和入庫情況等信息，定期分省匯總上傳至國家稅務(wù)總局跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)管理信息交換平臺。 　　

第三十條 2008年底之前已成立的匯總納稅企業(yè)，2009年起新設(shè)立的分支機構(gòu)，其企業(yè)所得稅的征管部門應(yīng)與總機構(gòu)企業(yè)所得稅征管部門一致；2009年起新增匯總納稅企業(yè)，其分支機構(gòu)企業(yè)所得稅的管理部門也應(yīng)與總機構(gòu)企業(yè)所得稅管理部門一致。 　　

第三十一條 匯總納稅企業(yè)不得核定征收企業(yè)所得稅。 　　

第五章 附 則 　　

第三十二條 居民企業(yè)在中國境內(nèi)沒有跨地區(qū)設(shè)立不具有法人資格分支機構(gòu)，僅在同一省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市（以下稱同一地區(qū)）內(nèi)設(shè)立不具有法人資格分支機構(gòu)的，其企業(yè)所得稅征收管理辦法，由各省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市國家稅務(wù)局、地方稅務(wù)局參照本辦法聯(lián)合制定。 　　

居民企業(yè)在中國境內(nèi)既跨地區(qū)設(shè)立不具有法人資格分支機構(gòu)，又在同一地區(qū)內(nèi)設(shè)立不具有法人資格分支機構(gòu)的，其企業(yè)所得稅征收管理實行本辦法。 　　

第三十三條 本辦法自2013年1月1日起施行。