事業(yè)單位在轉制、改制過程中，需要按照以下流程、遵循以下操作方法：
　　一、依法開展改制單位的清產(chǎn)核資工作
　　在事業(yè)單位轉制、改制過程中，堅持公有資產(chǎn)保值增值是一項基本原則。要依法維護國家、集體所有者的合法權益，就必須規(guī)范整個清產(chǎn)核資的操作程序。事業(yè)單位自身的資產(chǎn)產(chǎn)權界定、資產(chǎn)評估本身就是一個十分敏感而又引人關注的問題，特別是有些事業(yè)單位由于歷史的原因，擁有的資產(chǎn)數(shù)額十分龐大，這個問題就更加突出。因此如何保證清產(chǎn)核資工作的順利進行，防止某些人利用改制、轉制之機，以各種非法手段侵吞公有資產(chǎn)，是擺在各級領導面前的一個必須認真對待的問題。我們認為，只有加強法律監(jiān)督和控制，才能有效的保證清產(chǎn)核資工作的正常開展。
　　第一、改制單位的上級主管部門應加強對清產(chǎn)核資工作的指導和監(jiān)督，在改制單位申請資產(chǎn)評估立項后，由主管部門委托具有資質(zhì)的中介機構對改制單位進行資產(chǎn)評估。
　　第二、對涉及到改制單位產(chǎn)權界定、產(chǎn)權交易、資產(chǎn)處置方案的制訂、改制單位的股權結構設置、資產(chǎn)轉讓等行為，應由律師出具法律意見書，確保整個改制、轉制流程的合法性。
　　第三、加強民主監(jiān)督，資產(chǎn)的評估結果、處置方案等須交由職工大會審議。
　　第四、對發(fā)生在轉制過程中的違法犯罪行為必須依法處理。對于在轉制、改制過程中隱匿資產(chǎn)的行為，一經(jīng)發(fā)現(xiàn)，就要依法追究當事人法律責任。對于中介機構在承辦業(yè)務時，同改制單位串通作弊、弄虛作假或隱瞞不報，出現(xiàn)重大疏漏、嚴重誤導等導致國有資產(chǎn)重大流失、侵害其他產(chǎn)權主體合法權益的，也應依法追究責任。
　　二、改制方案的制定要堅持“三公”原則和職工民主管理
　　同國有企業(yè)改制一樣，事業(yè)單位在改制過程中涉及的改制、轉制方案的制訂實施應堅持公開、公平、公正的原則，必須事先將改制方案提交職工(代表)大會審議通過。這既是在政治上保證職工群眾的主人翁地位，調(diào)動廣大職工的積極性和創(chuàng)造性，也是在制度上落實職工群眾參與民主管理、民主監(jiān)督。如果這項工作做得不好，往往會影響改制的正常進行，甚至還會給社會帶來不穩(wěn)定的因素。
　　第一、應做好單位職工的思想工作，讓職工群眾真正理解改制的內(nèi)涵，使他們主動參予到改制過程中來，保證改制工作的順利進行。
　　第二、應依法召開職工(代表)大會，對于清產(chǎn)核資的結果、改制方案等交由職工大會做成規(guī)范的決議。
　　第三、在改制過程中切實注意保護職工的合法權益，對涉及職工切身利益的決定應交由工會和職工大會討論并形成決議。