土地增值稅清算一般有兩種計算方法，下面分別稱為甲計算法和乙計算法。這兩種方法納稅人不能任意選用，但不同的計算方法和計算口徑，給納稅人帶來的稅負卻不同。

　　甲計算法，指在同一個房地產(chǎn)開發(fā)項目中，先按普通住宅、非普通住宅、門面房、車庫和其他房開產(chǎn)品等，單獨采用房開產(chǎn)品銷售收入比例或房開產(chǎn)品定額成本比例或其他合理方法，分別計算各房開產(chǎn)品的增值額與扣除項目金額，據(jù)以計算各房開產(chǎn)品應納的土地增值稅。持甲計算法觀點的納稅人，依據(jù)是《國家稅務(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問題的通知》（國稅發(fā)〔2006〕187號）規(guī)定，土地增值稅以國家有關(guān)部門審批的房地產(chǎn)開發(fā)項目為單位進行計算，對于分期開發(fā)的項目，以分期項目為單位進行清算。開發(fā)項目中同時包含普通住宅和非普通住宅的，應分別計算增值額。

　　乙計算法，指在同一個房地產(chǎn)開發(fā)項目中，以國家有關(guān)部門審批的房地產(chǎn)開發(fā)項目（包括普通住宅、非普通住宅、門面房、車庫和其他房開產(chǎn)品等）為單位，先統(tǒng)一核算該房地產(chǎn)開發(fā)項目的增值額與扣除項目金額。然后再按房開產(chǎn)品銷售收入比例或房開產(chǎn)品定額成本比例或其他合理方法，在普通住宅、非普通住宅、門面房和車庫等其他房開產(chǎn)品中分配增值額與扣除項目金額，據(jù)以計算各房開產(chǎn)品應納的土地增值稅。持乙計算法觀點的納稅人，依據(jù)是增值稅暫行條例實施細則第八條“土地增值稅以納稅人房地產(chǎn)成本核算的最基本的核算項目或核算對象為單位計算”的規(guī)定。

　　現(xiàn)筆者就同一房地產(chǎn)開發(fā)項目應納的土地增值稅，對比甲、乙兩種計算法帶來的不同稅負結(jié)果。

　　湖北省隨州市某房地產(chǎn)開發(fā)有限公司，2006年1月1日～2012年6月30日，土地增值稅清算項目總建筑面積124326.5平方米，不可售面積6078.34平方米，可售面積118248.16平方米，已銷售面積99670.04平方米，其中普通住宅已售31363.73平方米，非普通住宅已售27432.49平方米，其他開發(fā)產(chǎn)品（包括門面房、車庫等）已售40873.82平方米，未出售面積18578.12平方米。

　　經(jīng)核實，該單位2006年1月1日～2012年6月30日期間，實現(xiàn)銷售收入26485.56萬元，其中：普通標準住宅4018.75萬元，非普通標準住宅3829.78萬元，其他開發(fā)產(chǎn)品18637.03萬元。在該項目土地增值稅清算中，按發(fā)生合理總成本在已售、未售產(chǎn)品之間分配，已售產(chǎn)品應分攤的扣除項目金額為24721.54萬元，其中：取得土地使用權(quán)所支付的金額3409.48萬元，房地產(chǎn)開發(fā)成本14455.96萬元，房地產(chǎn)開發(fā)費用1786.54萬元（按取得土地使用權(quán)所支付的金額和房地產(chǎn)開發(fā)成本之和的10%計算），與轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)的稅金1496.47萬元，財政部規(guī)定的加計20%扣除數(shù)3573.09萬元，土地增值總額＝26485.56-24721.54＝1764.02（萬元）。