甲公司是房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)，2007年與本地糧食局簽訂合同，約定糧食局出地，甲公司出資，合作建房，建成后按比例分配；2008年房屋建成，面積為20000平方米，甲公司分得16000平方米，糧食局4000平方米，并辦理了房產(chǎn)證。此項(xiàng)目建筑總成本為8000萬元，建筑支出均為我公司支出，建筑發(fā)票及相關(guān)費(fèi)用發(fā)票抬頭均為甲公司名稱。2008年底土地增值稅匯算清繳，甲公司不知道自己的房地產(chǎn)開發(fā)成本應(yīng)該是8000萬元，還是按分房比例為6400萬元（8000÷20000×16000），并且本次匯算的可售面積和總面積分別是多少也說不清楚。同時(shí)，糧食局土地契稅及取得土地的相關(guān)費(fèi)用是否可以進(jìn)入甲公司土地增值稅的匯算呢？

　　一、關(guān)于合作建房土地增值稅計(jì)算

　　對于一方出地，一方出資金，雙方合作建房，建成后按比例分房。總建筑面積為20000平方米，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)分得面積16000平方米，糧食局4000平方米，房地產(chǎn)開發(fā)成本為8000萬。

　　納稅人按規(guī)定分別進(jìn)行土地增值稅清算，應(yīng)按扣除項(xiàng)目金額按清算時(shí)的單位建筑面積成本費(fèi)用乘以銷售或轉(zhuǎn)讓面積計(jì)算。

　　單位建筑面積成本費(fèi)用＝清算時(shí)的扣除項(xiàng)目總金額÷清算的總建筑面積。

　　單位建筑面積成本費(fèi)用：8000萬元÷20000平方米=4000元。

　　房地產(chǎn)開發(fā)面積和成本分?jǐn)偅悍康禺a(chǎn)開發(fā)企業(yè)面積16000平方米，開發(fā)成本6400萬元（4000×16000）。糧食局面積4000平方米，開發(fā)成本1600萬元（4000元×4000）。

　　二、關(guān)于合作建房扣除項(xiàng)目問題

　　《土地增值稅暫行條例》及實(shí)施細(xì)則第六條規(guī)定，計(jì)算增值額的扣除項(xiàng)目：（一）取得土地使用權(quán)所支付的金額；……取得土地使用權(quán)所支付的金額，是指納稅人為取得土地使用權(quán)所支付的地價(jià)款和按國家統(tǒng)一法規(guī)繳納的有關(guān)費(fèi)用。

　　房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)取得土地使用權(quán)時(shí)支付的契稅的扣除問題。

　　《國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅清算有關(guān)問題的通知》（國稅函[2010]220號）第五條規(guī)定，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)為取得土地使用權(quán)所支付的契稅，應(yīng)視同“按國家統(tǒng)一規(guī)定繳納的有關(guān)費(fèi)用”，計(jì)入“取得土地使用權(quán)所支付的金額”中扣除。

　　根據(jù)上述規(guī)定，糧食局為取得土地使用權(quán)所支付的契稅和按國家統(tǒng)一規(guī)定繳納的有關(guān)費(fèi)用可以作為計(jì)算增值額的扣除項(xiàng)目。